Biblioteka Uniwersytecka dysponowała przed wybuchem II wojny światowej najliczniejszym księgozbiorem w kraju. W 1939 r. jej dyrektorem został Adam Lewak. Również poszczególne zakłady, seminaria, instytuty, gabinety i kliniki Uniwersytetu posiadały własne księgozbiory, na ogół nieduże. Łącznie zbiory Uniwersytetu w 1939 r. liczyły 1 331 087 woluminów146.
Jak wspomniano, po zakończeniu działań wojennych we wrześniu 1939 r. teren uniwersytecki został zamknięty, a 2 X zajął go batalion Policji Bezpieczeństwa. W gmachu BUW kwaterował sztab batalionu, umieszczono tam także rozmaite punkty usługowe – warsztaty szewskie i krawieckie, zbrojownię. Biblioteczne szafy, regały, pulpity przeniesiono do innych budynków uniwersyteckich. Bibliotekarze mogli przebywać jedynie w magazynie. Zezwolenie na wstęp na teren Uniwersytetu, a więc i BUW, otrzymało tylko 5 bibliotekarzy (od początku 1940 r. – 10 osób) zatrudnionych nieodpłatnie. Przez kilka miesięcy prowadzili oni prace porządkowe, polegające przede wszystkim na zwożeniu książek z tych zakładów uniwersyteckich, które mieściły się w zniszczonych budynkach. Do połowy 1940 r. przetransportowano do gmachu głównego ok. 100 tys. woluminów. Trafiły tam m.in. księgozbiory wydziałów: Teologii Katolickiej (Seminarium Filozofii Chrześcijańskiej, Studium Filozoficzno-Religijne), Teologii Ewangelickiej, Lekarskiego, Prawa (seminaria – Prawa Cywilnego, Prawa Handlowego i Wekslowego, Prawa Procesowego Cywilnego), Humanistycznego (seminaria – Filozoficzne I Władysława Tatarkiewicza, Filozoficzne II Tadeusza Kotarbińskiego, Slawistyczne, Filologii Ukraińskiej, Anglistyczne, Historii Gospodarczo-Społecznej i Geografii Historycznej, Historii Wychowania, zakłady – Archeologii Klasycznej, Historii Sztuki, Archeologii Przedhistorycznej, Etnografii Polski), Matematyczno-Przyrodniczego (seminaria – Filozofii Matematyki, Logiki Matematycznej, Zakład Fizjologii Roślin). Uniwersyteccy bibliotekarze przejmowali też w różnych okresach okupacji księgozbiory prywatne, m.in. Stefana Czarnowskiego, Marcelego Handelsmana, Mieczysława Tretera. Starano się również uzupełniać straty poniesione we wrześniu 1939 r. i nabywać książki naukowe ukazujące się współcześnie. Nabywanie książek było o tyle łatwe, że właściciele bibliotek prywatnych, znalazłszy się w trudnej sytuacji materialnej, wyprzedawali swoje zbiory, była to więc również swoista forma mecenatu. Od kwietnia 1942 r. do czerwca 1944 r. Biblioteka, nabywając 4929 dzieł w 11 262 woluminach, wydała łącznie 137 465 zł, notabene, ze środków przyznanych przez władze okupacyjne147.
Jak wyglądała sytuacja Biblioteki wobec władz niemieckich? Kompetencje wspomnianej Komisji Likwidacyjnej obejmowały także BUW, jednak możliwość jej interwencji była tu bardziej ograniczona niż w innych warszawskich bibliotekach, ponieważ teren uniwersytecki został zamknięty po wejściu Schutzpolizei. Odtąd policja, jak już wspomniano, reglamentowała wejście do Biblioteki. Konieczne było również pozwolenie Komisji, jako że wstęp do wszystkich pomieszczeń uczelni warszawskich mógł się odbywać tylko za jej zgodą. Oficjalnym zadaniem bibliotekarzy objętych zezwoleniem były więc prace porządkowe, nieoficjalnym – konspiracyjne udostępnianie książek zamawianych przez pracowników naukowych Uniwersytetu. Po zakończeniu działalności Komisji Likwidacyjnej, biblioteki naukowe w GG zostały podporządkowane Głównemu Zarządowi Bibliotek (Hauptverwaltung der Bibliotheken), na czele którego stał Gustav Abb, dyrektor biblioteki uniwersyteckiej w Berlinie. Zarząd nadzorował bezpośrednio cztery biblioteki państwowe, m.in. w Warszawie (Staatsbibliothek Warschau). W skład tej biblioteki weszły: Oddział I (BUW), Oddział II (Biblioteka Narodowa), Oddział III (Biblioteka Ordynacji Krasińskich).
Praca Biblioteki opierała się na przedwojennym polskim personelu. Polscy pracownicy szczebla kierowniczego zobowiązani zostali do złożenia w lipcu 1941 r. oświadczenia, że swoje obowiązki będą spełniać „wiernie” i że nie czują się związani „żadnym zobowiązaniem wobec dawnego państwa polskiego”148. Praktyka pokazała, iż oświadczenia te, złożone bez możliwości swobodnego podejmowania decyzji, de facto pozostały formalnością. Wanda Sokołowska wspominała:
Już w r. 1939 jako jedno z najpilniejszych wysuwało się zagadnienie umożliwienia dostępu do zbiorów Biblioteki nie tylko uczonym, ale i szerokim kołom społeczeństwa. Wobec trudności, jakie sprawiało wchodzenie na teren Uniwersytetu, zorganizowano wypożyczanie książek za pośrednictwem sekretariatu Uniwersytetu. Otrzymanie tą drogą książek z Biblioteki z reguły trwało długo, gdyż tylko wyjątkowo można było złożone w sekretariacie zamówienie tego samego dnia załatwić. Pewne ułatwienie w sposobie wypożyczania nastąpiło po stworzeniu „Staatsbibliothek”.
Zanim powstała Staatsbibliothek, która wprowadziła pewne reguły wypożyczania książek, na podkreślenie zasługuje rola jednego z pracowników uniwersyteckiego sekretariatu, Stanisława Sucheckiego, który udostępniał księgozbiory zakładów i pośredniczył w kontaktach z BUW149. Użytkownikami bibliotek państwowych mieli być Niemcy oraz osoby pracujące na rzecz instytucji niemieckich. Jak pisał Ksawery Świerkowski: „Karty wstępu wydawano tylko za zezwoleniem [Wilhelma] Wittego”, komisarycznego kierownika Staatsbibliothek Warschau, „który specjalnych trudności nie stawiał Polakom, gdyż zależało mu na liczbach statystycznych”. Jak wspominał Adam Lewak:
Przez kilka miesięcy przychodził w asyście policjanta niemieckiego niemal co dnia prof. [Majer] Bałaban. Z twarzą o cerze papierowej, zupełnie siwy i wynędzniały, połowę chleba i czereśni, którymi go częstowali koledzy polscy, chował dla równie głodnej żony. Polacy otrzymywali pozwolenie na korzystanie z biblioteki na podstawie fałszywych dowodów pracy, często korzystali z nieobecności Wittego w bibliotece między godz. 12 a 15; wtedy zbierali się w czytelni profesorowie i studenci tajnego uniwersytetu i nawet redakcje tajnych gazetek.
Do stałych czytelników BUW należeli: Wacław Borowy, Marceli Handelsman, Julian Krzyżanowski, Stefan Pieńkowski150.
Jak wspominał jeden ze studentów konspiracyjnego Uniwersytetu:
Zaopatrzony w listy polecające profesora Krzyżanowskiego i profesora Tatarkiewicza udałem się do [przedwojennego] dyrektora Biblioteki Adama Lewaka. Minąłem bunkier stojący u bramy uniwersytetu, okazałem kennkartę i arbeitskartę wartownikowi z Wehrmachtu i następnie zostałem odesłany na „wachę”, która mieściła się na parterze gmachu porektorskiego, na prawo od biblioteki. Tam jeszcze raz przejrzano moje dokumenty, zabrano mi je i pozwolono iść do budynku biblioteki. Dyrektor Lewak pouczył mnie, iż mam złożyć podanie do Komisarza „Staatsbibliothek Warschau”, Niemca, doktora Wittego. W podaniu tym mam napisać, z jakiego zakresu książki będę czytał. Oczywiście nie z zakresu historii literatury i filozofii, bo tego by Witte nie zaakceptował. – Tu się najczęściej pisze – powiedział z naciskiem dyrektor Lewak – że z zakresu materiałów budowlanych. Do ceremoniału należało stawienie się przed oblicze komisarza doktora Witte. Also Baumaterialen. Ja? Gut. – i podpisał moje podanie. Dopuszczony do Biblioteki Uniwersyteckiej stałem się jej codziennym gościem. Bibliotekarze w czytelni, doktor Krampera z Uniwersytetu Poznańskiego i doktor Herbst znosili mi coraz to nowe „budowlane” dzieła, których wypożyczenie doktor Witte akceptował własnoręcznym podpisem na każdym rewersie151.
W lipcu 1943 r. Witte opracował nowy wzór legitymacji, anulując tym samym poprzednio wydane pozwolenia na korzystanie ze zbiorów. Wszystkie książki powinny zostać zwrócone, a ponownie udostępnione mogły być dopiero po uzyskaniu nowej legitymacji. Tak ostre zarządzenie było skierowane przeciw wypożyczaniu tajnemu. Witte zdawał sobie sprawę ze skali tego zjawiska i słusznie podejrzewał, że pracownicy, którzy na swoje rewersy mieli możliwość wypożyczenia 5 woluminów książek lub czasopism, dopuszczali się „przekroczeń”. W rozmowie z Konradem Jażdżewskim, kierującym wówczas Państwowym Muzeum Archeologicznym, miał powiedzieć: „Czy myśli Pan, że ja nie wiem, do czego to może być Panu potrzebne?” Książki wypożyczano wielu pracownikom naukowym i studentom. Lektury te były przydatne przede wszystkim do zajęć na tajnych uniwersytetach – Warszawskim i Ziem Zachodnich. Tajne wypożyczanie książek podlegało określonym procedurom, prowadzono dwie kartoteki wypożyczeń: oficjalną i nielegalną. Wypożyczano albo oficjalnie, na zatwierdzone przez Wittego rewersy, albo nieoficjalnie, ukrywane przez kierownika magazynu Józefa Chudka, bądź na osobiste konta bibliotekarzy. Zdarzały się jednak wpadki, gdy w mieszkaniach aresztowanych osób znajdowały się książki z BUW, które w oficjalnej kartotece nie figurowały. Kiedy aresztowana została Łucja Charewiczowa, Stanisława Sawicka w pośpiechu usuwała rewersy ze swego konta. Czytelnikom BUW wypożyczono w ten sposób ok. 35 tys. woluminów152.