II wojna światowa przyniosła uniwersytetom europejskim bardzo zróżnicowane doświadczenia. Położenie uczelni w krajach opanowanych przez Niemcy było pochodną ogólnych zasad, jakie regulować miały politykę okupacyjną, te zaś różniły się od siebie znacznie w zależności od obszaru, którego dotyczyły. W Europie Zachodniej – pojawiały się tu oczywiście pewne lokalne odmienności – uniwersytety znalazły się pod ścisłym nadzorem policyjnym, obowiązywała restrykcyjna cenzura, a wszelkie przejawy oporu stawały się powodem represji. Z uczelni zostali usunięci Żydzi, którzy następnie w większości trafili do obozów zagłady.

W Europie Środkowo-Wschodniej i Wschodniej – gdzie niemiecka polityka również miała niejednakowy charakter – ogólny ton działaniom Niemiec nadawała idea utworzenia na tych terenach rasistowskiego imperium. Narzędziem nazistowskiej inżynierii społecznej stało się ludobójstwo i czystki etniczne. Zgodnie z zespołem dokumentów, który otrzymał nazwę Generalplan Ost, większość miejscowej ludności miała zostać fizycznie zlikwidowana lub wysiedlona na wschód od Uralu51. Generalplan Ost opracowywano w pierwszych latach wojny, ale stanowił on rozwinięcie i konkretyzację planów wcześniejszych. Kiedy we wrześniu 1939 r. wojska niemieckie zajęły część terytorium Polski, rozpoczęły się masowe egzekucje Żydów i polskiej inteligencji. Jesienią 1939 i wiosną 1940 r. ofiarą akcji „Inteligencja” padło ponad 100 tys. osób52.

Eksterminacja inteligencji stanowiła kluczowy składnik programu sprowadzenia społeczeństwa polskiego do poziomu niezdolnej do politycznej aktywności, niewykwalifikowanej siły roboczej. Z nazistowskiego punktu widzenia nie mogło zatem być mowy ani o polskich uniwersytetach, ani nawet szkołach średnich. Dla słowiańskich pracowników fizycznych odpowiednia miała być czteroklasowa szkoła powszechna. W memoriale przygotowanym wiosną 1940 r. przez Himmlera i zatwierdzonym przez Hitlera czytamy: „Celem tych szkół powszechnych jest jedynie nauczenie rachowania najwyżej do 500, pisowni nazwisk, nauka, która jest boskim przykazaniem bycia posłusznym Niemcom, a także uczciwym, pilnym oraz rzetelnym. Umiejętność czytania uważam za zbędną”53.

Symbolicznego znaczenia nabrało oficjalne poniekąd zetknięcie się polskiej profesury z niemieckim aparatem bezpieczeństwa. 3 XI 1939 r. rektor Uniwersytetu Jagiellońskiego Tadeusz Lehr-Spławiński otrzymał od oficera SS polecenie zebrania wykładowców na prelekcję o niemieckim stanowisku wobec uniwersytetów. Profesorowie i asystenci – w zdecydowanej większości pracownicy UJ, ale także przedstawiciele innych uczelni – zgromadzili się 6 XI 1939 r. w jednej z sal Collegium Novum. Przybył tam SS-Sturmbannführer Bruno Müller, prawnik z wykształcenia, jeden z dowódców działającej w Polsce „grupy operacyjnej” SS. Oświadczył, że uczelnia rozpoczęła rok akademicki bez zezwolenia władz, a jej wykładowcy są wrogo nastawieni do nauki niemieckiej. W związku z tym, zakończył, obecni na sali Polacy zostaną wysłani do obozu koncentracyjnego. Podczas akcji, którą nazywano później Sonderaktion Krakau, zatrzymano 183 osoby, w tym 142 wykładowców UJ. 11 aresztowanych wkrótce zwolniono, resztę przewieziono do obozu Sachsenhausen; część po pewnym czasie znalazła się w Dachau. Nacisk europejskiej opinii – w tym m.in. interwencja Mussoliniego – sprawił, że władze niemieckie ostatecznie zdecydowały się uwolnić krakowskich naukowców, wielu z nich jednak zmarło w obozie lub wkrótce po jego opuszczeniu54. Mimo niezwykłej bezwzględności, z jaką Niemcy prowadzili swą politykę, nie udało im się sparaliżować polskiego życia umysłowego, w tym także działalności uniwersytetów. Pod okupacją, mimo terroru i bardzo trudnych warunków materialnych, rozwinęły się struktury tajnego szkolnictwa wyższego.

Poczynania nazistowskiego reżimu znajdowały silne wsparcie w niemieckich środowiskach akademickich. Teodor Schieder, młody wówczas historyk, który miał zrobić imponującą karierę uniwersytecką w Republice Federalnej Niemiec, w swoim opracowaniu z października 1939 r. zalecał czystki etniczne na wielką skalę w „odzyskanych prowincjach wschodnich”, widząc w takich działaniach środek w pełni usprawiedliwiony interesami narodu niemieckiego; niepokoiła go także możliwość „wyłonienia się nowej polskiej warstwy przywódczej”55. Historycy przedstawiali argumenty mające ideowo podbudować ekspansję na wschód, co nasiliło się wraz z atakiem na ZSRR. Hermann Heimpel – po wojnie jedna z najbardziej prominentnych postaci życia akademickiego Republiki Federalnej Niemiec – w książce wydanej w 1941 r. podkreślał, że średniowieczne cesarstwo, którego spadkobiercami są Niemcy, miało „wewnętrzne uzasadnienie w misji miecza na Wschodzie”. Reinhard Wittram widział w Niemcach tych, którzy tworzą podstawy europejskiej jedności56.

Heimpel, profesor we Fryburgu Bryzgowijskim i Lipsku, od 1941 r. pracował na Uniwersytecie Rzeszy w Strasburgu; Wittram otrzymał katedrę na Uniwersytecie Rzeszy w Poznaniu. Reichsuniversitaten to placówki będące szczególnie jaskrawym przejawem wprzęgnięcia instytucji uniwersytetu w poczynania państwowo-partyjnego aparatu III Rzeszy. Pod takim szyldem funkcjonował od 1939 r. niemiecki uniwersytet w Pradze; w 1941 r. powstały podobne uczelnie w Strasburgu i Poznaniu. Uniwersytety Rzeszy, utworzone na terenach świeżo opanowanych przez Niemcy, miały charakter ściśle związany z planami budowy nazistowskiego imperium i narzucenia Europie nowego porządku politycznego. Zakładano, że prowadzone w tych placówkach prace z zakresu gospodarki rolnej, etnografii i antropologii służyć będą rozwojowi niemieckiego osadnictwa, studia historyczne zaś dowodzić wyższości Niemców nad innymi narodami57. Zalążkiem niemieckiego uniwersytetu w Krakowie miał być Institut für Deutsche Ostarbeit, założony w 1940 r.58

Wskazując na zaangażowanie niemieckiej nauki w działania, które III Rzesza podejmowała podczas wojny, musimy pamiętać, że uczelnie nie odgrywały tu zbyt ważnej roli. Naukowcy z Uniwersytetu Berlińskiego uczestniczyli w przygotowywaniu Generalnego Planu Wschodniego, ale reżim wolał tworzyć osobne placówki do wykonywania praktycznych zadań; przedsięwzięcia o bezpośrednim znaczeniu militarnym były rzecz jasna utajnione, pracowały zaś nad nimi wyselekcjonowane zespoły badaczy, znajdujące się pod rygorystycznym nadzorem służb bezpieczeństwa. Zarówno w ZSRR, jak USA i Wielkiej Brytanii prace z dziedziny techniki wojskowej, wykorzystujące najnowsze osiągnięcia nauk ścisłych i przyrodniczych, także prowadzone były w specjalnych ośrodkach pod ścisłą kontrolą polityczną i policyjną.

II wojna światowa w jeszcze większym stopniu niż pierwsza uświadomiła europejskim politykom, elitom intelektualnym i gospodarczym, a także przynajmniej części opinii publicznej, jak ogromne są możliwości praktycznego wykorzystania osiągnięć naukowych. Symbolem najzupełniej wymiernej potęgi nauki stał się amerykański „Projekt Manhattan”, którego produktem była bomba atomowa. Postępująca zmiana społecznego statusu nauki miała wpływać na sytuację uniwersytetów, lecz proces ten nie był ani szybki, ani jednoznaczny w swych konsekwencjach. Tymczasem Europa stanęła wobec ogromu zniszczeń, jakie pozostawiła po sobie wojna.

Problem odbudowy dotyczył również uniwersytetów. Zniszczenia, o które w tym przypadku chodziło, miały różny zakres w różnych krajach, a ich charakter bywał tak materialny, jak intelektualny i moralny. Na Wschodzie odbudowie towarzyszyło narzucanie sowieckich rozwiązań ideowo-organizacyjnych w dziedzinie nauki i szkolnictwa – część ogólnego przewrotu ustrojowego. W Polsce w czasie wojny została wyniszczona większość inteligencji. Warstwa wykształcona padła tu z jednej strony ofiarą nazistów, z drugiej – terroru stalinowskiego, który dosięgnął tysiące Polaków po rozpoczętej 17 IX 1939 r. inwazji ZSRR na wschodnie ziemie Rzeczypospolitej; wielu inteligentów znalazło się na emigracji w Europie Zachodniej i pozostało tam po wojnie. W warunkach polskich trzeba było zatem nie tylko usuwać zniszczenia materialne, ale i odtwarzać warstwę inteligencką. Nauka polska miała wkrótce znaleźć się pod presją stalinizmu. Nie należy jednak zapominać, że nowy reżim podjął szeroko zakrojone działania na rzecz rozwoju uczelni i instytutów badawczych.

Niemcy były po wojnie zrujnowane materialnie, podstawowy problem stanowiła tu jednak spuścizna nazizmu, który w minionych latach znalazł tak wielu zwolenników na uniwersytetach. Kwestia wyższych uczelni wchodziła na gruncie niemieckim w zakres szerszych programów denazyfikacyjnych, z rozmaitą chęcią i umiarkowanym powodzeniem wprowadzanych w życie przez władze okupacyjne. W okupowanych podczas wojny przez Niemcy krajach Zachodu zaczęły się rozliczenia z tymi, którzy kolaborowali z III Rzeszą. Skompromitowani wykładowcy tracili uniwersyteckie stanowiska. We Francji, gdzie starano się uporać z dziedzictwem reżimu Vichy, najważniejsza decyzja dotyczyła sfery grande écoles, elitarnych uczelni usytuowanych poza podstawową siecią uniwersytetów. Wobec poparcia, jakie kolaboranckie władze zyskały w kręgach wyższych urzędników, postanowiono udoskonalić system kształcenia biurokratycznej elity. W październiku 1945 r. Rząd Tymczasowy Republiki utworzył École Nationale d’Administration, której zadaniem miało być odpowiednie przygotowywanie wyższych kadr urzędniczych59.