W czasie okupacji niemieckiej, w ramach tajnego uniwersytetu były prowadzone również zajęcia dla studentów geografii. Rozpoczęły się one stosunkowo późno, bo dopiero w 1942 roku (nauczanie w zakresie fizyki, chemii, biologii trwało od 1940 roku) i były prowadzone w ramach sekcji geograficznej Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego. Kierownikiem sekcji był profesor Lencewicz26. Zajęcia odbywały się w prywatnych mieszkaniach, a prowadzili je profesor Stanisław Lencewicz, docent Stanisław Pietkiewicz, doktor Romuald Gumiński, a także geolodzy – profesor Jan Samsonowicz i docent Zbigniew Sujkowski (syn Antoniego, profesora SGH) oraz etnograf – profesor Stanisław Poniatowski27.
Zajęcia z geografii na poziomie wyższym były prowadzone również28 w Szkole Głównej Handlowej, która uruchomiła legalne kursy handlowe przekształcone w 1940 roku w licealną szkołę zawodową o nazwie I Miejska Szkoła Handlowa. Prowadzono tu zajęcia na poziomie wyższej uczelni również z przedmiotów zabronionych przez okupanta, w tym wykłady z geografii ekonomicznej i politycznej. Wykładowcami byli profesor Jerzy Loth, docent Stanisław Gorzuchowski i profesor Antoni Sujkowski.
W ramach Wolnej Wszechnicy Polskiej tajne wykłady odbywały się na Wydziale Nauk Prawnych i Ekonomicznych (geografia gospodarcza ogólna i regionalna) oraz na Wydziale Pedagogicznym (wybrane zagadnienia z antropogeografii). Prowadził je profesor Władysław Gumplowicz, a po jego śmierci w 1942 roku doktor Jan Dylik, który przeniósł się z Łodzi do Warszawy, a wcześniej był związany z oddziałem zamiejscowym Wszechnicy w Łodzi utworzonym w 1928 roku.
W Szkole Nauk Politycznych wykłady z geografii gospodarczej ogólnej, geografii ekonomicznej Polski, geografii politycznej i geografii kolonialnej prowadzili profesorowie Jerzy Loth i Stanisław Srokowski oraz doktor Józef Czekalski.
Podyplomowe studia prowadził również Konspiracyjny Instytut Kolonialny29. Związani z nim byli docent Stanisław Gorzuchowski (dyrektor Instytutu) i profesor Jerzy Loth (przewodniczący Rady Naukowej). Prowadzili oni wykłady z geografii regionalnej, geografii ekonomicznej, geografii kolonialnej oraz historii odkryć geograficznych. Gorzuchowski prowadził też wykłady monograficzne dotyczące wybranych państw afrykańskich. Wśród wykładowców byli również Pietkiewicz (klimatologia strefy tropikalnej) i Czekalski (ekonomika kolonialna).
Warto tu wspomnieć o Uniwersytecie Poznańskim, który w związku z włączeniem Kraju Warty do Rzeszy w 1940 roku rozpoczął swą działalność jako konspiracyjny Uniwersytet Ziem Zachodnich w Warszawie. Wykłady z geografii ekonomicznej, społecznej i politycznej na Wydziale Ekonomicznym i w Instytucie Morskim prowadził Czekalski30.
Działalność z zakresu geografii w okresie wojny odbywała się również w zupełnie nieoczekiwanych miejscach. W obozie jenieckim – Oflagu II C w Woldenbergu (Dobiegniewie) powstało Koło Geografów, które zorganizowało kilkadziesiąt zebrań naukowych i odczytów publicznych. Zorganizowano tam również dwuletnie Wyższe Kursy Nauczycielskie w zakresie geografii. Prowadzono także zajęcia mieszczące się w programie Wolnej Wszechnicy Polskiej i Szkoły Nauk Politycznych. W roku 1943/1944 Jerzy Kondracki przy pomocy innych geografów i kartografów, a także korzystając z korespondencyjnych konsultacji z profesorem Lencewiczem zorganizował kursy w zakresie I roku studiów geograficznych na uniwersytecie. Ukończyło je 12 oficerów, z których część uzyskała w latach późniejszych dyplomy magisterskie31.
Działalność oświatowa była również prowadzona przez absolwentki geografii warszawskiej w obozie koncentracyjnym w Ravensbrück32.