Powstanie Królewskiego Uniwersytetu Warszawskiego w 1816 roku nastąpiło w okresie wzrostu zainteresowania naukami przyrodniczymi, szczególnie botaniką i zoologią w ich klasycznym ujęciu. Ksiądz Stanisław Staszic, zaangażowany w powstanie i rozwój Uniwersytetu, także był przyrodnikiem. Studiował w Paryżu pod kierunkiem słynnych przyrodników i profesorów, jak Georges Buffon i Louis Jean Daubenton. Znane są jego zasługi w rozwoju nauk geologicznych w Polsce. W swoim słynnym dziele O ziemiorodztwie Karpatów i innych gór i równin Polski (1815) wiele uwagi poświęcił roślinności i zwierzętom opisywanych krain. Dla początków antropologii duże znaczenie miały jego rozważania Ród ludzki (1819–1820). Jako członek Komisji Rządowej Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego przyczynił się do nowoczesnej organizacji założonego w tym czasie Uniwersytetu, dbając o obecność w nim nauk przyrodniczych i obsadzenie odpowiednich katedr najlepszymi ludźmi.
Powstanie Uniwersytetu Warszawskiego zbiegło się w czasie z początkami nowocześnie prowadzonych badań roślin. Niedawne było fundamentalne odkrycie sposobu odżywiania się roślin w drodze asymilacji dwutlenku węgla, wprowadzano do użytku mikroskop jako narzędzie do badania budowy roślin oraz proponowano tzw. naturalne systemy klasyfikacji roślin, konkurencyjne wobec sztucznego systemu Linneusza. Ponadto pod koniec XVIII wieku ukazały się drukiem pierwsze nowoczesne opisy rodzimych roślin pióra ks. Krzysztofa Kluka z Ciechanowca i ks. Stanisława Bonifacego Jundziłła z Uniwersytetu Wileńskiego, co umożliwiło szerszemu ogółowi zaznajamianie się z florą naszego kraju3.
Katedrę botaniki na wydziale filozoficznym Uniwersytetu powierzono w 1816 roku Michałowi Szubertowi (1787–1860)4. Był to wówczas człowiek młody, niespełna trzydziestoletni. Studia u wybitnych ówczesnych botaników francuskich odbył w Paryżu, słuchając wykładów profesorów Renégo Louichego Desfontainesa i Antoine’a de Jussieu, kierującego jednocześnie Jardin des Plantes. Później pracował jako asystent tego ostatniego oraz Charlesa Brisseau de Mirbel, pioniera botaniki mikroskopowej we Francji. Do Warszawy powrócił, przywożąc zielniki i – co ważne – mikroskop (był pierwszym u nas botanikiem korzystającym w swojej pracy z tego narzędzia). Początkowo wykładał botanikę w Liceum Warszawskim oraz leśnictwo w Szkole Prawa i Administracji. W nowo powstałym Uniwersytecie został mianowany (jak już wspomniano) profesorem botaniki oraz dyrektorem niedawno założonego Ogrodu Botanicznego.
Szubert był jednym z pionierów badań nad budową anatomiczną roślin. W swoim dorobku pozostawił ważne publikacje: Monografia sosny pospolitej (1820), Rozprawa o składzie wewnętrznym roślin okazanym na bzie pospolitym (1823) i Rozprawa o składzie nasienia, początkowem rozrastaniu się zarodka i głównych różnicach składu wewnętrznego roślin (1824), ilustrowane znakomitej jakości rycinami. Zwłaszcza ta ostatnia praca wnosiła istotne szczegóły do ówczesnej wiedzy o początkowych stadiach rozwoju roślin, a ryciny Szuberta, posiadającego niewątpliwy talent rysunkowy, z powodzeniem mogłyby ilustrować współczesne podręczniki. Książka Szuberta zatytułowana Opisanie drzew i krzewów leśnych Królestwa Polskiego (1827) była pierwszym polskim podręcznikiem dendrologii, w którym są zawarte oryginalne uwagi autora o rozmieszczeniu, biologii i budowie anatomicznej drzew polskiej flory. Zasłużył się w badaniu roślinności okolic Warszawy: w uniwersyteckim Ogrodzie Botanicznym gromadził rośliny z bliższych i dalszych okolic miasta zbierane osobiście i dostarczane przez uczniów, a w obszernym opracowaniu Spis roślin Ogrodu Botanicznego Królewskiego-Warszawskiego Uniwersytetu (1824) umieścił dane o miejscu znalezienia wielu gatunków, co sprawiło, że ów spis był jednocześnie trzecim z kolei i najobszerniejszym wykazem roślin okolic Warszawy. Gromadzony przez wiele lat przez Szuberta zielnik jest zachowany do tej pory w Zakładzie Systematyki i Geografii Roślin Wydziału Biologii UW.
1. Rycina z pracy Michała Szuberta Rozprawa o składzie wewnętrznym roślin okazanym na bzie pospolitym (1823)
Wykłady na Uniwersytecie prowadził Szubert nowocześnie. Nowością były pokazy mikroskopowe, studenci otrzymywali także wiedzę z najnowszych publikacji zagranicznych uzyskiwanych dzięki kontaktom profesora. Wiedzę tę Szubert uzupełniał demonstracją żywych roślin w prowadzonym przez siebie Ogrodzie i na cotygodniowych wycieczkach w okolice Warszawy. Tak prowadzona nauka zachęcała jego najzdolniejszych uczniów do poświęcenia się botanice. Jednym z nich był Wojciech Jastrzębowski, zatrudniony jako asystent Szuberta w Uniwersytecie w roku 1825, znakomity florysta, w omawianym czasie autor cennego doniesienia Rośliny ciekawsze znalezione w Królestwie Polskiem (1829). Do grona uczniów Szuberta zaliczali się także Jakub Waga, później nauczyciel przyrody w Łomży i autor obszernej, znanej i cenionej Flory Polskiej (1847, 1848), oraz Szymon Pisulewski, późniejszy nauczyciel szkół warszawskich i autor podręczników botaniki.
Botaniką interesował się także drugi z profesorów Uniwersytetu, Jakub Fryderyk Hoffmann (1758–1830). Z wykształcenia i z zawodu lekarz, od roku 1809 profesor historii naturalnej w Szkole Lekarskiej w Warszawie, autor podręcznika Zasady nauki o roślinach (1815). Później, po powstaniu Uniwersytetu i włączeniu Szkoły Lekarskiej do tej uczelni, Hoffmannowi powierzono katedrę mineralogii. Do założonego przez siebie uniwersyteckiego gabinetu przyrodniczego przekazał swoje zbiory, w tym zielnik i woskowe modele roślin i ich części używane na wykładach.
Na bardziej szczegółowe omówienie zasługuje uniwersytecki Ogród Botaniczny5. Został założony w roku 1811 na potrzeby Szkoły Lekarskiej przez Hoffmanna, zajmował tereny pod skarpą u podnóża Pałacu Kazimierzowskiego przy Krakowskim Przedmieściu. W roku 1816 opiekę nad Ogrodem przejął młody Szubert. Po włączeniu Szkoły Lekarskiej w skład nowo utworzonego Uniwersytetu, z inicjatywy Szuberta zaczęto szukać dla Ogrodu innego, bardziej odpowiedniego miejsca. Cesarz Aleksander zgodził się oddać na potrzeby Ogrodu Botanicznego dużą część nabytego niedawno Ogrodu Królewskiego przylegającą do Łazienek i Belwederu. Z końcem 1818 roku teren ten przejęła specjalna komisja rządowa i Szubert energicznie przystąpił do urządzania Ogrodu. W doborze gatunków trzymał się zasady pierwszeństwa dla przedstawicieli flory krajowej; w ciągu pięciu lat liczba uprawianych tu gatunków dorównywała nielicznym, największym ogrodom europejskim. Ogród wyróżniał się przy tym pięknym położeniem i starannym utrzymaniem. O jego zasobie i rozwoju wiemy z publikacji Szuberta, z ogłaszanych drukiem sprawozdań i z dwukrotnie wydawanych spisów roślin6. Po zamknięciu Uniwersytetu Ogród Botaniczny istniał nadal, ale na mocno uszczuplonym terenie, podległy komisji rządowej. Okres, gdy stanowił placówkę uniwersytecką i kierował nim Szubert, należy uznać za jeden z najlepszych w jego dziejach.
Katedra zwyczajna zoologii w Uniwersytecie Warszawskim została utworzona w 1822 roku dla Feliksa Pawła Jarockiego (1790–1865). Jarocki studiował nauki przyrodnicze na Uniwersytecie Jagiellońskim, wykształcenie z zakresu zoologii uzupełniał na uniwersytetach w Berlinie i Paryżu, później wykładał w Szkole Wojewódzkiej w Kaliszu. W Uniwersytecie Warszawskim był zatrudniony od 1818 roku, gdy wraz z Józefem Karolem Skrodzkim, mianowanym w tym czasie profesorem fizyki w Królewskim Uniwersytecie Warszawskim, został obarczony zadaniem ocenienia i przywiezienia do Warszawy zbiorów zoologicznych znanego śląskiego uczonego, ornitologa amatora, barona Sylwiusza Augusta Minckwitza, właściciela majątku Gronowice w powiecie sycowskim. Obejmowały one głównie gromadzone przez Minckwitza okazy ptaków śląskich, ale także zakupiony wcześniej od zoologa z Halle – Johanna Gottfrieda Hübnera gabinet historii naturalnej. Zbiory te przywieziono do Warszawy w lutym 1819 roku i powiększono, włączając okazy zoologiczne gromadzone przez wspomnianego profesora Hoffmanna. Wszystko to stało się cennym nabytkiem tworzącego się warszawskiego Uniwersytetu i podstawą jego Gabinetu Zoologicznego8.
Data powołania Gabinetu Zoologicznego nie jest pewna; przyjmuje się tu rok 1819, gdy zaczęto prace porządkowe nad przywiezionymi zbiorami. Pracami tymi i późniejszą działalnością Gabinetu kierował Feliks Jarocki aż do przejścia na emeryturę w roku 1862. Równocześnie (od jesieni 1819 roku) rozpoczął wykłady zoologii jako „profesor przybrany”, profesorem zwyczajnym zoologii został mianowany w roku 1822. Kolekcje Gabinetu uporządkował i opisał, a następnie stale pomnażał, włączając okazy z darów i zakupów, a także z własnych zbiorów, które gromadził w podróżach naukowych po Lubelszczyźnie, Podolu, Wołyniu i Ukrainie. Część zgromadzonych wówczas materiałów, zarówno okazów przyrodniczych, jak i księgozbioru, zachowała się dotąd w Muzeum i Instytucie Zoologii PAN. Gabinet mieścił się na terenie Uniwersytetu – z początku w Pałacu Kazimierzowskim, później (od 1823 roku) w nowo wzniesionym tak zwanym gmachu pomuzealnym (obecnie zajmowanym przez Instytut Historii UW). Otwarcie Gabinetu dla publiczności nastąpiło w 1825 roku.
2. Rycina z podręcznika Feliksa Jarockiego Zoologiia czyli zwierzętopismo ogólne (1825)
Dorobek naukowy Jarockiego z okresu profesury w Uniwersytecie jest pokaźny i obejmuje prace morfologiczno-taksonomiczne (m.in. Spis ptaków w gabinecie zoologicznym król. Warsz. Uniwersytetu znajdujących się, 1819; O szarańczy, 1827), kilka rozpraw, w których uzasadniał pogląd o identyczności tura i żubra (Zubr oder der litthauische Auerochs, 1830), wreszcie obszerny, akademicki podręcznik Zoologiia czyli zwierzętopismo ogólne. Ten ostatni podręcznik miał się składać z jedenastu tomów, ale niestety nie został ukończony: w latach 18211838 ukazało się sześć tomów obejmujących kręgowce (tomy I, II, III i IV), skorupiaki i pająki (tom V) oraz część owadów (bezskrzydłe i dwuskrzydłe, tom VI część I). Dzieło jest wypełnione szczegółowymi opisami gatunków krajowych i obcych, uzupełnionymi tabelami służącymi jako klucze do oznaczania rodzajów, oraz wysokiej klasy rycinami na osobnych tablicach. Dalsze części, podobno gotowe w rękopisach, nie wyszły drukiem ze względu na brak funduszy. Podręcznik ten, choć nieukończony, miał duże znaczenie – przez wiele lat służył jako źródło szczegółowych wiadomości kolejnym rocznikom studentów i innych miłośników zwierząt nie tylko w zaborze rosyjskim, a pod względem obfitości materiału nie miał sobie równego.
Zarówno przez swój podręcznik, jak i wykłady Jarocki zaznajamiał studentów z najnowszymi zdobyczami wiedzy za granicą, jednak jego cechy charakteru nie sprzyjały kształceniu współpracowników i następców, a jego najzdolniejsi uczniowie (Antoni Waga, Jakub Waga, Kazimierz Stronczyński) nie związali się z Uniwersytetem. Niemniej jednak w pracy pomagał mu od roku 1826 preparator, później adiunkt, Paweł Wierzejski, absolwent Szkoły Sztuk Pięknych w Warszawie, który z myślą o pracy w Gabinecie został wysłany wcześniej do Muzeum Zoologicznego uniwersytetu w Berlinie na naukę preparowania i wypychania zwierząt. Dzięki jego zdolnościom Gabinet mógł pochwalić się pięknie prezentującymi się okazami, co przyciągało publiczność i stanowiło jeden z argumentów na rzecz jego utrzymania w trudnych czasach międzypowstaniowych.
Elementy wiedzy o zwierzętach znajdujemy także w działalności profesora anatomii na wydziale lekarskim Królewskiego Uniwersytetu, Marcina Rolińskiego (1776–1839). Powołany w roku 1820 na katedrę anatomii Królewskiego Uniwersytetu Warszawskiego, wykładał nie tylko anatomię człowieka, lecz także anatomię porównawczą. Przejął w opiekę istniejący już tam gabinet anatomiczny i w okresie działalności Uniwersytetu pomnażał jego zasób, gromadząc preparaty do nauki anatomii prawidłowej i patologicznej człowieka oraz preparaty z różnych zwierząt, głównie z okazów, które padły w warszawskich menażeriach. Do tej tradycji nawiązywał Zakład Anatomii Porównawczej wskrzeszonego w 1915 roku Uniwersytetu Warszawskiego.