Czasy nauczania medycyny w okresie międzypowstaniowym należały do najtrudniejszych w nowożytnych dziejach medycyny polskiej aż do wybuchu II wojny światowej. W październiku 1831 roku, w wyniku represji, jakie spadły na nasz kraj po powstaniu, car zamknął wszystkie wyższe uczelnie Królestwa oraz Uniwersytet Wileński, który jednak w formie Wydziału Lekarskiego istniał jeszcze następne 10 lat. Dodatkowe kary polegały na zmniejszeniu liczby szkół elementarnych i średnich, utrudnianiu kontaktów studentów i ich nauczycieli z uniwersytetami zagranicznymi i nakazywaniu przebywającym za granicą studentom powracania do kraju. W przypadku odmowy podporządkowania się tym zarządzeniom groziło nieotrzymanie zatrudnienia w instytucjach rządowych. Równocześnie z represjami realizowano program rusyfikacji oraz unifikacji z systemem oświatowym w Cesarstwie. Pomimo stwarzanych przez władzę trudności, znaczna liczba studentów kontynuowała studia na uczelniach francuskich i niemieckich. Większość wybierała medycynę i prawo, pozostali weterynarię i rolnictwo. Kończący medycynę studenci zasilali miejscową – tamtejszą kadrę uniwersytecką lub wracali do kraju i prowadzili prywatną praktykę. Nasilające się trudności służby zdrowia, wywołane brakiem personelu pomocniczego, spowodowały, iż władze udzieliły zezwolenia na otwarcie szkół: farmaceutycznej, felczerskiej i weterynaryjnej. Istniał również Instytut Położniczy, ale wszystkie wymienione wyżej instytucje nie mogły zastąpić wyższej uczelni lekarskiej. W tej sytuacji instytucjami dbającymi o rozwój środowiska lekarskiego warszawskiego stały się: powstałe w roku 1820 Warszawskie Towarzystwo Lekarskie, szpitale oraz Rada Lekarska.

Lekarze, członkowie Towarzystwa, brali czynny udział w udzielaniu pomocy lekarskiej w lazaretach powstańczych w 1830 roku, zajmowali się zagadnieniami chorób zakaźnych, postępem wiedzy medycznej, przedstawiali i omawiali przypadki chorobowe z własnej praktyki, zajmowali się zagadnieniami polskiego słownictwa lekarskiego.

Szpitale warszawskie zasłużyły się dla utrzymania poziomu lecznictwa i rozwoju polskiej medycyny. Wielu wybitnych ordynatorów grupowało wokół siebie uczniów, natomiast na łamach „Pamiętnika Towarzystwa Lekarskiego Warszawskiego” pojawiały się sprawozdania z czynności szpitalnych, zawierające ciekawy materiał naukowy, a zwłaszcza kazuistyczny.

Powstała w roku 1809 i działająca do jej likwidacji w 1867 roku Rada Lekarska miała z kolei za zadanie egzaminowanie wszystkich, którzy zamierzali uprawiać praktykę lekarską, prowadzenie kontroli stanu sanitarnego, zapobieganie chorobom zakaźnym, doglądanie zakładów lekarskich i aptek, nadzorowanie administracji odpowiedzialnej za higienę miasta, a także odpowiadała za sprawy sądowo-lekarskie.

Dyskusje na temat powołania wyższej uczelni lekarskiej w Warszawie prowadzono zarówno na terenie Warszawskiego Towarzystwa Lekarskiego, jak i wśród członków Rady Lekarskiej. Również społeczeństwo polskie domagało się utworzenia wyższej uczelni lekarskiej w Warszawie. W roku 1832 Wilno otrzymało Akademię Medyko-Chirurgiczną, co niewątpliwie wzmogło starania o utworzenie analogicznej instytucji w Warszawie. Spełzły one jednak na niczym, albowiem władze odrzuciły proponowany projekt ustawy. Sytuacja uległa zmianie po roku 1855. Wojna krymska i ciężki przebieg chorób zakaźnych w Cesarstwie wykazały tragiczne skutki braku lekarzy. Dodajmy, że brak ten dotyczył bardzo dużej liczby Rosjan zamieszkujących Królestwo Kongresowe (własnych lekarzy nie mieli), a także był niebezpieczny ze względu na zawsze możliwy wybuch epidemii, która w porę nieopanowana łatwo mogła przemieszczać się na inne tereny, w tym na terytorium Rosji.

2. Tytus Chałubiński

Stan ten spowodował, iż car Aleksander II skierował do Namiestnika Królestwa odezwę dotyczącą konieczności utworzenia w Warszawie „wyższego naukowego zakładu lekarskiego”. W dniu 1 X 1857 roku została otwarta Cesarsko-Królewska Akademia Medyko-Chirurgiczna w Warszawie, a nominację na jej prezydenta otrzymał Fiodor Cycurin, profesor patologii i terapii szczegółowej Uniwersytetu św. Włodzimierza w Kijowie. Należy tu dodać, że był on wysokiej klasy lekarzem i naukowcem, zręcznym organizatorem i dobrym urzędnikiem (dbał jak należy o powierzoną mu instytucję), a przy tym człowiekiem sprawiedliwie, a często przychylnie odnoszącym się do Polaków. Jak na ówczesnego generała armii carskiej rzecz to warta odnotowania. Wśród wykładowców Akademii znaleźli się lekarze tej miary, co Tytus Chałubiński (1820–1889), jeden z twórców warszawskiej szkoły internistycznej, znany działacz społeczny i wychowawca młodzieży, Wiktor Feliks Szokalski (1811–1890), okulista europejskiej sławy, autor blisko 200 prac z zakresu oftalmologii oraz podręcznika z zakresu fizjologii i okulistyki, Ludwik Maurycy Hirszfeld (1816–1876), profesor prywatny w École Pratique de Médecine w Paryżu, autor znakomicie napisanego i ilustrowanego podręcznika anatomii, Henryk Fryderyk Hoyer (1834–1907), ojciec polskiej histologii, autor pierwszego w skali europejskiej podręcznika w tej dziedzinie, Aleksander Le Brun (1803–1868), od roku 1840 lekarz naczelny Szpitala Dzieciątka Jezus oraz profesor chirurgii od roku 1857, wykonawca w 1847 roku pierwszej w Polsce operacji z zastosowaniem ogólnego znieczulenia chloroformowego, oraz Polikarp Girsztowt (1827–1877), kierownik Katedry Chirurgii Teoretycznej, założyciel, redaktor i wydawca czasopism, serii edytorskich i podręczników. Akademia Medyko-Chirurgiczna istniała do roku 1862, kiedy to władze rosyjskie zdecydowały się zezwolić na otwarcie kilkuwydziałowej uczelni o charakterze uniwersyteckim.