W 1969 roku nastąpił podział Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi na Wydział Biologii i samodzielny Instytut Geografii. Dyrektorem Instytutu był przez rok profesor Stanisław Leszczycki, a w 1970 roku funkcje tę przejął profesor Jerzy Kondracki59. Rada Naukowa Instytutu, w której skład wchodzili wszyscy zatrudnieni w Instytucie pracownicy samodzielni (13 osób) oraz osoby powołane przez rektora UW z innych jednostek naukowych (6 profesorów), miała uprawnienia Rady Wydziału. Jej przewodniczącym był do roku 1975 Stanisław Leszczycki, a następnie Zdzisław Mikulski.
Zmianie uległa struktura Instytutu. W 1969 roku dzielił się on na 5 zakładów, których nazwy odpowiadały istniejącym wcześniej katedrom60. Kierownikiem Zakładu Geografii Fizycznej był profesor Jerzy Kondracki. W Zakładzie istniały trzy pracownie: geografii gleb, hydrograficzna i geomorfologiczna. W 1971 roku Pracownia Hydrograficzna została przekształcona w Zakład Hydrografii (później Zakład Hydrologii i Hydrografii). Kierownictwo objął profesor Zdzisław Mikulski. W 1974 powstał Zakład Geomorfologii, którym kierowała profesor Cecylia Radłowska.
Zakład Klimatologii do roku 1975 był kierowany przez profesora Wincentego Okołowicza, a następnie przez docent Marię Stopę-Boryczkę. W ramach Zakładu działała stacja meteorologiczna usytuowana na terenie Uniwersytetu.
Zakładem Geografii Ekonomicznej kierował w roku 1969/1970 profesor Stanisław Leszczycki, którego potem zastąpił docent Witold Kusiński. Zmiana kierownika nastąpiła również w Zakładzie Geografii Regionalnej i Politycznej. Do 1972 roku był nim profesor Józef Barbag, a potem docent Bolesław Dumanowski. Zakład Kartografii działał cały czas pod kierownictwem docenta, a później profesora Lecha Ratajskiego.
5. Jubileusz profesora Jerzego Kondrackiego w 1968 roku. Od lewej stoją: generał Teodor Naumienko – szef Służby Topograficznej Wojska Polskiego, profesor Mieczysław Klimaszewski – rektor UJ, zastępca Przewodniczącego Rady Państwa, profesor Stanisław Turski – rektor UW, profesor Jerzy Kondracki
6. Mazowiecki Ośrodek Geograficzny w Murzynowie
Poza wymienionymi w Instytucie został utworzony w drodze przekształcenia istniejącej wcześniej pracowni Zakład Metodyki Nauczania Geografii. Pracownią do 1974 roku kierował doktor Konrad Świerczyński. Potem obowiązki kuratora Zakładu pełnił docent Witold Kusiński. Oprócz zakładów istniały trzy ogólnoinstytutowe pracownie: Programowania i Maszyn Liczących (Tobjasz), Fotointerpretacji Geograficznej (Winid) oraz Fotograficzna – wspólna z Instytutem Geografii PAN.
W 1974 roku została utworzona stacja terenowa. Była to inicjatywa profesora Okołowicza, który podpisał umowę z władzami powiatowymi w Płocku o przekazaniu Uniwersytetowi Warszawskiemu budynku likwidowanej szkoły w Murzynowie pod Płockiem61.
Zatrudnienie w Instytucie Geografii UW nie zmieniło się w sposób istotny. W 1969 roku w Instytucie pracowało 4 profesorów i 9 docentów oraz około 50 pomocniczych pracowników naukowo-dydaktycznych. Liczby te nie uległy zmianom. Jednak w ciągu 9 lat istnienia Instytutu nastąpiły liczne przesunięcia wynikające z przejścia na emeryturę kilku pracowników samodzielnych oraz zatrudnienia na stanowisku docenta osób, które uzyskały w Instytucie stopień doktora habilitowanego. Nastąpiły też przesunięcia między grupami wykładowców, adiunktów i asystentów. W 1977 roku zatrudnionych było 5 profesorów i 9 docentów, a obsługę zapewniało 20 pracowników naukowo-technicznych i 24 bibliotekarzy.
W Instytucie Geografii przeprowadzono 9 przewodów habilitacyjnych, w tym 2 w stosunku do pracowników Studium Afrykanistycznego oraz wypromowano 50 doktorów, w tym 18 spoza Uniwersytetu Warszawskiego. Zwiększeniu liczby wypromowanych doktorów sprzyjało istnienie w Instytucie od 1970 roku trzyletniego Studium Doktoranckiego, którym kierowała profesor Radłowska62.
Kontynuowano wydawanie serii „Prace i Studia Instytutu Geograficznego Uniwersytetu Warszawskiego”. W okresie istnienia pozawydziałowego Instytutu Geografii ukazało się 20 zeszytów, chociaż ostatnie z nich opublikowano po 1977 roku, czyli po utworzeniu Wydziału Geografii i Studiów Regionalnych.
Działalność naukowa Instytutu była zróżnicowana63. W Zakładzie Geografii Fizycznej kontynuowano prace z zakresu kompleksowej geografii fizycznej. Były to badania struktury krajobrazu naturalnego, opracowania z dziedziny regionalizacji fizycznogeograficznej oraz regionalnej geografii fizycznej. Odnosiły się one głównie do dwóch terenów: Pojezierza Mazurskiego i wybranych fragmentów Wyżyny Małopolskiej, szczególnie Wyżyny Sandomierskiej. Prowadzone były też badania paleolimnologiczne. W 1969 roku ukazał się podręcznik Jerzego Kondrackiego Ogólna wiedza o Ziemi, a w 1972 roku regionalna synteza Polska północno-wschodnia.
W Zakładzie Hydrografii (Hydrologii i Hydrografii) badania dotyczyły obiegu wody w małych zlewniach, występowania wód gruntowych i ich uwarunkowań, dynamiki wód jeziornych, zasilania rzek i jezior. Pracownicy Zakładu uczestniczyli w opracowaniu bilansu wodnego Morza Bałtyckiego, współpracowali przy realizacji projektu Mapy elementów bilansu wodnego krajów Europy Środkowej i Wschodniej64. Zespół pracowników Zakładu opublikował Przewodnik do ćwiczeń z hydrografii (1977).
Badania Zakładu Geomorfologii odnosiły się do Wyżyny Małopolskiej, doliny Wisły oraz północnego wschodu Polski i dotyczyły geomorfologii glacjalnej, fluwialnej i eolicznej oraz rzeźby podczwartorzędowej. W Zakładzie rozwinął się kierunek badań współczesnych procesów morfogenetycznych oraz były z powodzeniem prowadzone badania sedymentologiczne.
Zakład Klimatologii kontynuował zainicjowane przez Wincentego Okołowicza badania nad klimatem lokalnym i wpływem miasta na klimat, ze szczególnym uwzględnieniem zanieczyszczenia atmosfery. Rozwinęły się też badania nad zmianami klimatu w Polsce. W 1974 roku ukazał się pierwszy, a w 1976 roku drugi tom Atlasu współzależności parametrów meteorologicznych i geograficznych w Polsce. Tomy te, opracowane przez Marię Stopę-Boryczkę i Jerzego Boryczkę, dały początek kontynuowanej przez wiele lat serii.
Tematyka badawcza Zakładu Geografii Ekonomicznej dotyczyła geografii osadnictwa, przemysłu, rolnictwa oraz geografii rekreacji i turystyki. Ukazały się cztery zeszyty przewodnika do ćwiczeń z geografii ekonomicznej.
Zakład Geografii Regionalnej i Politycznej prowadził ożywioną działalność edytorską. Do najważniejszych wydawnictw należała książka Józefa Barbaga Zarys geografii politycznej (1971, parokrotnie wznawiana). Kilka wznowień miał również podręcznik Geografia Świata opracowany przez zespół Zakładu pod kierunkiem Barbaga (pierwsze wydanie 1970). Ukazały się też trzy monografie regionalne: Józefa Barbaga Geografia ekonomiczna Stanów Zjednoczonych i Kanady (1974) i Wielka Brytania (1976) oraz Janiny Kremky-Saloni Geografia ekonomiczna Rumunii (1973). Po zmianie kierownictwa rozwinęły się w Zakładzie badania geograficzno-rolnicze innych krajów oraz zróżnicowane prace dotyczące relacji pomiędzy środowiskiem przyrodniczym a działalnością człowieka65.
W Zakładzie Kartografii badania dotyczyły teorii kartografii i kartografii tematycznej. Koncentrowano się na zagadnieniach związanych z opracowaniem map ekonomicznych i szkolnych. Prace dotyczyły też semiotyki kartograficznej, generalizacji map i modelowania przestrzeni geograficznej. Lech Ratajski opublikował podręcznik Metodyka kartografii społeczno-ekonomicznej (1973), a Wiktor Grygorenko był autorem trzech podręczników: Redakcja i opracowanie map ogólnogeograficznych (1970), Reprodukcja kartograficzna (1973) i Kartografia matematyczna (1975).
Studia geograficzne były początkowo prowadzone systemem pięcioletnim, z podziałem na sześć specjalizacji, które wybierano po drugim roku studiów. W 1976 roku nastąpiła zmiana i wprowadzono system czteroletni. Od tego roku studia były prowadzone z podziałem na dwie specjalności: nauczycielską i nienauczycielską. Program pierwszej obejmował dużą liczbę zajęć przygotowujących do pełnienia zawodu nauczyciela. W ramach drugiej specjalności po dwóch latach wspólnych studiów można było wybrać jeden z trzech kierunków: geografia fizyczna, geografia ekonomiczna i kartografia. Ukierunkowanie pracy zależało też od udziału w seminarium. Seminaria były prowadzone przy wszystkich zakładach istniejących w Instytucie. W latach 1969–1977 w Instytucie Geografii UW wykonano 634 prace magisterskie.
Kontakty zagraniczne Instytutu odbywały się częściowo w ramach umów międzynarodowych Uniwersytetu Warszawskiego, który w tym czasie zgodnie z panującymi zasadami nawiązywał kontakty z innymi uniwersytetami stołecznymi. Współpraca geografów dotyczyła Uniwersytetu im. Łomonosowa w Moskwie, Uniwersytetu im. A. Humboldta w Berlinie i Uniwersytetu Karola w Pradze. Kontynuowane były polsko-czeskie seminaria geograficzne. Pracownicy Instytutu uczestniczyli w dwóch kongresach Międzynarodowej Unii Geograficznej – w Montrealu i w Moskwie oraz w wielu innych kongresach i konferencjach za granicą. Podkreślić należy aktywność Jerzego Kondrackiego jako członka Komisji Atlasów Narodowych i Regionalnych MUG oraz Zdzisława Mikulskiego w ramach Międzynarodowego Programu Hydrologicznego UNESCO, a także Lecha Ratajskiego, który w latach 1972–1977 był wiceprzewodniczącym Międzynarodowej Asocjacji Kartograficznej. Okazją do kontaktów międzynarodowych były też zjazdy towarzystw geograficznych. Kilkunastu pracowników Instytutu wyjechało na staże zagraniczne. Dominowali wśród nich zatrudnieni w Zakładzie Geografii Regionalnej i Politycznej.
W 1977 roku samodzielny Instytut Geografii połączył się z Instytutem Afrykanistycznym z Wydziału Neofilologii i powstał pierwszy w Polsce wydział geograficzny o nazwie Wydział Geografii i Studiów Regionalnych. Trzeba w tym miejscu zauważyć, że projekt utworzenia Wydziału Geograficznego na Uniwersytecie Warszawskim pojawił się znacznie wcześniej. Już w początku 1955 roku, a więc zaledwie w kilka lat po powstaniu Instytutu Geograficznego, został na ręce rektora Uniwersytetu złożony projekt powołania samodzielnego Wydziału Geograficznego. Był on motywowany brakiem związków merytorycznych ze studiami biologicznymi i chęcią uproszczenia procesu zarządzania Instytutem66. Częściowym spełnieniem tego postulatu było utworzenie samodzielnego Instytutu Geografii w 1969 roku.