Po upadku powstania styczniowego represje dotknęły zarówno Szkołę Główną, jak i bezpośrednio samo środowisko lekarskie. Na mocy ukazu Aleksandra II z 20 VI 1869 roku Szkoła Główna została zniesiona, w Warszawie powołano zaś do życia Cesarski Uniwersytet Warszawski z wykładowym i urzędowym językiem rosyjskim.

45-letnia działalność tej rosyjskiej uczelni w Warszawie to postępujący upadek przede wszystkim nauczania, ale również pracy na polu czysto naukowym. Przyczyną niskiego poziomu dydaktyczno-badawczego było obsadzanie poszczególnych katedr i zakładów rosyjskimi profesorami drugiej kategorii. To zresztą zrozumiałe, gdyż ci najwybitniejsi, których tamtejsze uniwersytety miały przecież wielu, woleli żyć i pracować w swoim kraju. Po pierwsze ich praca przynosiła korzyści własnemu społeczeństwu, a ponadto odbywała się ona w bardziej sprzyjających warunkach. W środowisku polskim byli – niezależnie od własnego postępowania – zawsze widziani jako zaborcy.

Sytuację, przynajmniej na początku, ratowali polscy profesorowie, którzy zdecydowali się podjąć pracę w tej uczelni. Musieli oni jednak spełnić pewne warunki, aby móc nauczać, mianowicie legitymować się dyplomem doktorskim, wydanym przez którąkolwiek uczelnię rosyjską, a także zdecydować się na prowadzenie wykładów w języku rosyjskim. Na takie warunki przystali m.in. Ignacy Baranowski (internista), Włodzimierz Brodowski i Edward Przewoski (anatomopatolodzy), Polikarp Girsztowt i Julian Kosiński (chirurdzy), Ludwik Maurycy Hirszfeld (anatom), Henryk Fryderyk Hoyer (histolog), Karol Jurkiewicz (mineralog), Feliks Nawrocki (fizjolog), Romuald Pląskowski (psychiatra) i August Wrześniowski (zoolog).

Na szczególną uwagę zasługują zwłaszcza trzej profesorowie. Julian Kosiński (1833–1914), jeden z najwybitniejszych wówczas chirurgów-operatorów w Europie, pionier nowoczesnej chirurgii jamy brzusznej i postępowania antyseptycznego w Polsce. Po studiach w Rosji i Niemczech pracował w Akademii Medyko-Chirurgicznej i w Szkole Głównej Warszawskiej, będąc krótko – od stycznia do lipca 1869 roku – kierownikiem Katedry i Kliniki Chirurgii Operacyjnej. Następnie w Cesarskim Uniwersytecie Warszawskim objął podobne stanowisko: najpierw w II (1869–1878), a potem w I Katedrze i Klinice Chirurgicznej (1878–1899). Do historii chirurgii przeszedł z racji przeprowadzonych przez siebie pionierskich operacji: podwiązanie dużych tętnic z powodu tętniaków (1869), pierwsza w Polsce i dziesiąta w Europie laryngektomia w uśpieniu dotchawiczym (1877), pierwsza w Polsce uretrotomia metodą Maisonneuve’a (1881), pierwsza we wschodniej Europie nefrektomia (świetnie przygotowana praca Wycięcie nerki, 1884), pierwsza w Polsce udana splenektomia (1896) i pierwsza w Polsce esofagotomia górna w celu wydobycia ciała obcego z przełyku (1897).

3. Julian Kosiński

Kosiński miał również duże zasługi na polu organizacyjnym. Był współzałożycielem Kasy im. Mianowskiego (1881), Towarzystwa Doraźnej Pomocy (1896), czyli późniejszego Pogotowia Ratunkowego w Warszawie i Towarzystwa Higienicznego (1898). Poza tym brał czynny udział w utworzeniu m.in. Towarzystwa Higieny im. Bolesława Prusa, Instytutu Higieny Dziecięcej Lanvala i ogrodów im. Raua. Duże sumy pieniędzy przekazywał sukcesywnie Komitetowi Kasy Wsparcia dla wdów i sierot po lekarzach, istniejącemu przy Towarzystwie Lekarskim Warszawskim. Bibliotece tego towarzystwa ofiarował 307 cennych książek ze swego księgozbioru. Stworzył dużą szkołę kliniczną, był m.in. członkiem założycielem Towarzystwa Naukowego Warszawskiego (1907) i członkiem honorowym Royal College of Surgeons of England (od 1900).

Ignacy Baranowski (1833–1919) pracował od 1860 roku w obu polskich uczelniach, jednak profesorem nadzwyczajnym został dopiero w 1871 roku – w Cesarskim Uniwersytecie Warszawskim. Jako docent kierował tam Katedrą Diagnostyki Medycznej (1869–1871), następnie I Kliniką Terapeutyczną (1871–1872) i Katedrą Terapii Ogólnej i Diagnostyki Lekarskiej. W 1873 roku podał opis rzadkiej powikłanej wady serca. Stworzył dużą szkołę kliniczną, z której wyszli m.in. Władysław Biegański, Teodor Heryng, Stefan Marian Jakowski, Józef Pawiński, Mikołaj Reichman i Alfred Sokołowski. Za postawę patriotyczną otrzymał w 1882 roku naganę od rektora Cesarskiego Uniwersytetu Warszawskiego oraz został pominięty w uzwyczajnieniu profesury. W 1884 roku pozbawiono go prawa wykładania, a dwa lata później zmuszono do opuszczenia uczelni.

Baranowski opiekował się Tytusem Chałubińskim w ostatnim okresie jego życia, a w 1907 roku wydał poświęconą mu monografię. Wykładnię swych poglądów na kwestie badania klinicznego dał w pracy O łączności we względzie metody między badaniem klinicznem i przyrodniczem (1891). Przedstawił w niej problematykę diagnozy, prognozowania i wskazań lekarskich jako wspólnych metod w badaniu klinicznym i ogólnoprzyrodniczym oraz zaproponował pewne modyfikacje w metodach opukiwania i osłuchiwania chorych. Występował przeciw zbyt częstemu podawaniu leków narkotycznych, przepisywaniu złożonych recept i przeciw polipragmazji. Był zwolennikiem leczenia nowoczesnego i naturalnego. Jako lekarz nie pobierał wynagrodzenia od nauczycieli, lekarzy i od polskich studentów. Przyjaźnił się m.in. z Julianem Dunajewskim, Elizą Orzeszkową, Bolesławem Prusem, Stanisławem Witkiewiczem i Stefanem Żeromskim. Był pierwowzorem Doktora w Anielce Prusa; Prus wspominał go także w Lalce. Był prezesem Kasy im. Mianowskiego (1887–1893), doktorem honoris causa Uniwersytetu Jagiellońskiego (1900) i Uniwersytetu Lwowskiego (1912) oraz członkiem założycielem (1907) i członkiem honorowym (1908) Towarzystwa Naukowego Warszawskiego. W pierwszym okresie działalności Towarzystwa oddał swe mieszkanie (przy Krakowskim Przedmieściu 7) na jego potrzeby i hojnie wzbogacił je finansowo. Później przekazał w testamencie 105 tysięcy rubli na fundusze towarzystw – im. Jędrzeja Śniadeckiego i im. Adama Naruszewicza.

Trzeci z wymienionych znakomitych polskich profesorów, związanych z warszawskim Uniwersytetem za czasów kurateli rosyjskiej, to Edward Przewoski (1849–1925), uczeń Hirszfelda i Brodowskiego, wybitny patomorfolog i histolog, o ogromnym doświadczeniu diagnostycznym. W Uniwersytecie pracował tylko w czasach rosyjskich. Przez blisko ćwierć wieku (od 1873 roku) pełnił funkcję obducenta w Katedrze Anatomii Patologicznej, a po otrzymaniu w 1897 roku profesury nadzwyczajnej objął jej kierownictwo. Z funkcji tej ustąpił po 11 latach w pełni sił na własną prośbę. Być może wynikało to z trudnych układów, jakie miał w uczelni: z jednej strony jako Polak nie mógł się dobrze czuć w środowisku rosyjskim, jakie przepełniało wówczas uniwersytet, a z drugiej odczuwał niechęć społeczności polskiej, która uważała go za lojalistę wobec władz rosyjskich. Przeniósł się wtedy do Szkoły Sztuk Pięknych w Warszawie, gdzie przez całą dekadę (1908–1918) prowadził wykłady z anatomii człowieka. Przede wszystkim jednak był wybitnym uczonym. W 1874 roku jako jeden z pierwszych na świecie opisał obrzęk specyficznych czuciowych zakończeń nerwowych, tzw. ciałek Paciniego. W latach 1881–1888 opisał zjawisko i obraz zmian wstrząśnienia układu nerwowego i zaproponował określenie „shok” na konsekwencje kliniczne tych zaburzeń. Wielkim i pionierskim jego osiągnięciem było przedstawienie opisu zmian anatomopatologicznych w rzucawce porodowej (Zmiany anatomopatologiczne przy eklampsyi, 1897). Był członkiem założycielem Towarzystwa Naukowego Warszawskiego (1907).

Wśród wykładowców rosyjskich też byli profesorowie o dużej klasie naukowej, a także wysokiej kulturze osobistej. Zaliczyć do nich trzeba Pawła Mitrofanowa, profesora zoologii i anatomii porównawczej, wybitnego znawcę zmian teratologicznych i zasłużonego pedagoga. Z jego szkoły wyszedł cały zastęp znakomitych uczonych polskich z Kazimierzem Białaszewiczem, Mieczysławem Konopackim, Kazimierzem Stołyhwą i Janem Turem na czele. Profesor ułatwiał Polakom pracę u siebie, tak że z biegiem czasu nie pracował u niego ani jeden Rosjanin. W zakładzie Mitrofanowa mówiono wyłącznie po polsku. Również w Katedrze Chemii Lekarskiej jej kierownik – Michaił Szałfiejew uchodził za dobrego wykładowcę, stojącego na uboczu antypolskich działań władz oświatowych i uczelnianych. Bez uprzedzeń wobec polskich studentów postępował profesor okulistyki Konstantin Orłow, ukazujący przy tym swe wyraźne sympatie lewicowe. Zresztą za działalność antypaństwową był kilkakrotnie aresztowany. Władze, chcąc mieć go jak najdalej od aktywnych politycznie punktów carskiej Rosji, zdecydowały się „zesłać” go w 1912 roku do Warszawy, gdzie pracował aż do rozwiązania uniwersytetu. W późniejszych latach Orłow zyskał miano czołowego okulisty radzieckiego. Postacią szczególną był Aleksandr Szczerbak, profesor psychiatrii w warszawskiej uczelni od 1894 roku. Jego prace o wpływie związków chemicznych na krążenie mózgowe i o leczeniu dystrofii mięśniowych były szeroko dyskutowane w literaturze międzynarodowej. Niezwykła była jego postawa polityczna. Po wiecu i strajku studentów w 1905 roku domagał się niestosowania jakichkolwiek represji wobec młodzieży uniwersyteckiej, a także występował za repolonizacją uczelni i zliberalizowaniem stosunków politycznych w Królestwie. Rosyjskie władze oświatowe nie miały zamiaru tolerować takich postaw w uniwersytecie i po licznych szykanach z ich strony został przeniesiony do Sewastopola. Pozostawił po sobie serdeczne wspomnienia polskich lekarzy i studentów.