W 1945 roku po oswobodzeniu Warszawy rozpoczęły się starania o wznowienie działalności Uniwersytetu. Ponieważ profesor Lencewicz zginął tragicznie w 1944 roku, a docent Pietkiewicz bezpośrednio po wojnie zamieszkał w Krakowie, pierwsze działania związane z reaktywowaniem Zakładu Geograficznego podjął po powrocie z obozu jeńców wojennych doktor Jerzy Kondracki. Zalążkiem Zakładu stało się mieszkanie nr 6 przy ulicy Wilczej 22, gdzie Kondracki zamieszkał wraz z rodziną i gdzie prowadzono pierwsze zajęcia oraz gromadzono książki, mapy i sprzęt33. Kuratorem Zakładu, nadal usytuowanego na Wydziale Matematyczno-Przyrodniczym, był geolog – profesor Roman Kozłowski. W grudniu 1945 roku został powołany kierownik Zakładu w osobie docenta geologii Stefana Zbigniewa Różyckiego, który przy swoim doktoracie zdawał egzamin u profesora Lencewicza z geografii jako dyscypliny pomocniczej.
Pałac Staszica, w którym przed wojną mieścił się Zakład Geograficzny, został całkowicie zrujnowany. Zniszczeniu uległo też wyposażenie zakładu (meble, instrumenty). Zbiory biblioteczne, które w 1939 roku liczyły 4737 pozycji w 6618 woluminach i 8276 map34 uległy rozproszeniu i w większości zniszczeniu, chociaż część książek została odnaleziona po wojnie w Poznaniu. W celu ich przewiezienia do Warszawy Ministerstwo Oświaty delegowało doktora Kondrackiego, który 4 VI 1945 roku powiadomił Ministerstwo, że około 3000 książek i broszur zostało zapakowane do 15 skrzyń o łącznej wadze 1395 kg i przesyłką ekspresową przesłane do Warszawy35. Upoważnienie dla Kondrackiego do odbioru książek z Uniwersytetu Poznańskiego podpisał Rektor Uniwersytetu Warszawskiego – profesor Stefan Pieńkowski. Na początku 1946 roku według sprawozdania kuratora Zakładu z 22 marca36 w bibliotece zakładu znajdowało się 3100 książek i około 1000 map.
Zajęcia dydaktyczne rozpoczęły się 15 X 1946 roku, we wtorek. Informowało o tym pismo rektora Uniwersytetu Warszawskiego z 8 X. W piśmie tym podano do wiadomości, iż w dniu rozpoczęcia zajęć w kościele Wizytek zostanie o godz. 9.00 odprawiona msza przez Jego Eminencję Księdza Arcybiskupa prof. dr. Antoniego Szlagowskiego.
3. Jerzy Kondracki
Zakład Geograficzny uruchomił kurs wstępny oraz zajęcia z geomorfologii. W obu przypadkach w wymiarze dwóch godzin tygodniowo. Ogłoszono też zapisy na ćwiczenia kartograficzne oraz fizyczno-geograficzne. Na początku 1946 roku geografię studiowały 24 osoby. Ćwiczenia odbywały się w trzech grupach. Liczba zajęć szybko rosła. Według pisma Jerzego Kondrackiego do dziekana Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego z 23 I 1947 roku, studenci geografii słuchali wykładu Romualda Gumińskiego z meteorologii, Jerzego Lotha z geografii regionalnej, Gustawa Wuttkego z dydaktyki geografii oraz Włodzimierza Zonna z astronomii. Obok wymienionych, wykład poświęcony Pomorzu prowadził profesor Stanisław Srokowski, a docent Stanisław Pietkiewicz wykładał hydrografię, klimatologię, topografię i kartografię. Prowadził też wykład zatytułowany Europa Wschodnia.
W marcu 1947 roku Zakład został przeniesiony do gmachu chemii przy ulicy Pasteura 1, gdzie otrzymał 5 pokoi i pozostał tam do roku 1950 – do zakończenia odbudowy Pałacu Uruskich-Czetwertyńskich przy ulicy Krakowskie Przedmieście 3037. W okresie tym w Zakładzie Geograficznym obok kierownika byli zatrudnieni Stanisław Pietkiewicz (na stanowisku docenta), Jerzy Kondracki (od 1947 jako adiunkt, wcześniej jako starszy asystent) oraz Helena Werner-Więckowska i Wiesława Różycka. W okresie 1945–1950 w Zakładzie pracował również profesor Stanisław Srokowski38.
W „Przeglądzie Geograficznym” w 1946 roku ukazał się artykuł Stefana Zbigniewa Różyckiego dotyczący krasu opoczyńskiego, a w roku 1947 rozprawa Jerzego Kondrackiego Z morfogenezy doliny dolnego Niemna. Wymienione pozycje zamykały przedwojenną serię „Prac wykonanych w Zakładzie Geograficznym UW” (nr 26 i 27). Pod kierunkiem profesora Różyckiego został w Zakładzie Geograficznym ukończony przewód doktorski Cyryla Kolago (1951).
Zakład Antropogeografii wznowił swą działalność później, bo w 1947 roku39. Ponieważ profesor Zaborski pozostał po wojnie za granicą, stanowisko kierownika Zakładu objął profesor Stanisław Leszczycki (1907–1996), który ukończył w 1929 roku studia geograficzne na Uniwersytecie Jagiellońskim i został zatrudniony w Instytucie Geograficznym. Doktoryzował się cztery lata później. Był członkiem grupy pracowników Uniwersytetu Jagiellońskiego aresztowanych przez Niemców w 1939 roku. Po wojnie powrócił do pracy na Uniwersytecie Jagiellońskim. Habilitował się w 1945 roku po przedstawieniu rozprawy dotyczącej osadnictwa w Anatolii. W tym samym roku został mianowany profesorem nadzwyczajnym. W 1947 roku przeniósł się na Uniwersytet Warszawski. W 1954 roku otrzymał tytuł profesora zwyczajnego.
Zakład Antropogeografii był początkowo usytuowany w Sali Lustrzanej odbudowanego Pałacu Staszica. W 1948 roku został przeniesiony do pięciopokojowego lokalu w budynku Polskiego Towarzystwa Ekonomicznego przy ulicy Nowy Świat 49, a w roku 1950, podobnie jak Zakład Geograficzny, do Pałacu Uruskich-Czetwertyńskich. W Zakładzie byli zatrudnieni Jadwiga Kobendzina, Maria Irena Mileska i Bogodar Winid.
W okresie 1946–1952 dyplomy magisterskie z geografii uzyskały 53 osoby, w tym 15 uzupełniających studia przedwojenne lub wojenne, 11 w zakresie antropogeografii i 27 w zakresie geografii fizycznej.
Oba zakłady stały się zaczątkiem Instytutu Geograficznego. Idea utworzenia Instytutu sprzyjała tworzeniu nowych jednostek geograficznych. W dniu 1 XI 1950 roku powołano Katedrę Kartografii kierowaną przez docenta Pietkiewicza40, a 1 X 1951 roku – Katedrę Geografii Regionalnej, kierowaną początkowo przez zastępcę profesora – doktora Tadeusza Żebrowskiego – oraz Katedrę Klimatologii z zastępcą profesora – doktorem Romualdem Gumińskim.