Wojna doszczętnie zniszczyła materialne zasoby zakładów geologicznych Uniwersytetu Warszawskiego. Przedwojenni kierownicy zakładów okupację niemiecką i zajęcie kraju przez Sowietów przetrwali. Profesorowie Roman Kozłowski i Jan Samsonowicz, któremu wojna przeszkodziła w objęciu warszawskiej profesury, już w początkach marca włączyli się w prace nad wskrzeszeniem Uniwersytetu. Tylko profesor Zygmunt Weyberg, kierownik Katedry Mineralogii w ostatnich latach przedwojennych, nie był w stanie podjąć swych uniwersyteckich obowiązków i zmarł 30 III 1945 roku, gdy większość ziem polskich była już wolna od Niemców. Od początku lutego zastąpił go docent Łaszkiewicz, wspomagany przez docent Kołaczkowską47.
7. Ruiny budynku Zakładu Geologii i Paleontologii po bombardowaniu we wrześniu 1939 roku
Grupka przedwojennych pracowników zabrała się zrazu do poszukiwania resztek zniszczonych kolekcji w ruinach przedwojennej siedziby zakładów, ale pozostały z nich tylko mizerne szczątki. Z rozmachem i energią przystąpiono więc do gromadzenia nowych zbiorów okazów ćwiczebnych, książek i przyrządów, bez których niepodobna było rozpocząć nauczanie i pracę naukową. Wagonami zwieziono poniemieckie kolekcje skał i minerałów z Dolnego Śląska, w piwnicy domu Samsonowicza uchowało się trochę jego prywatnych zbiorów, wspomógł go Zakład Geologii Uniwersytetu Jagiellońskiego i co możliwe przywożono z wypraw terenowych.
Z książek przetrwała tylko domowa biblioteka Samsonowicza, zdobyto ich trochę z Puław, Szczecina i Gdańska, ale paleontologia nie ruszyłaby z pracą naukową bez sięgnięcia po pomoc zagraniczną. Kozłowski odwołał się do swoich dawnych znajomości, wybrał się nawet w końcu 1945 roku do Paryża i spotkał się z solidarnym odzewem. Światowe sławy – profesorowie Eric Stensiö ze Sztokholmu, Charles Jacob z Sorbony, Carl Dunbar z Yale University, Walter Frederick Whittard z Bristolu, pospieszyli z darami i jesienią 1947 roku znów można było rozpocząć badania paleontologiczne.
Domem dla profesorów i części asystentów, a zarazem pierwszą siedzibą zakładów nauk geologicznych, stał się szczęśliwie ocalały dom Samsonowiczów przy ulicy Wilczej 22, w którym urząd kwaterunkowy zezwolił im się zainstalować. Przygarnięto tu też Stefana Zbigniewa Różyckiego z objętym przez niego w 1946 roku Zakładem Geografii Fizycznej.
Nauczanie pierwszy rozpoczął w dniu 24 II 1945 roku Łaszkiewicz zajęciami dla studentów farmacji, stanowiącymi – jak i przed wojną – główną powinność dydaktyczną Zakładu Mineralogii. 1 II 1945 roku mianowano go zastępcą profesora na uniwersyteckim Wydziale Farmaceutycznym. Zajęcia początkowo odbywały się w gmachu medycyny weterynaryjnej przy ulicy Grochowskiej, w sali bez szyb i pieców. Po przygotowaniu przydzielonego mu mieszkania przy ulicy Wilczej umieścił tam swój zakład, a z rodziną zamieszkał u znajomych. Zakład Geologii przystąpił do pracy dydaktycznej jesienią, a Zakład Paleontologii w 1946 roku. Zajęcia zaczęły się odbywać w domu Samsonowicza.
30 IX 1945 roku Łaszkiewicza przeniesiono na Wydział Matematyczno-Przyrodniczy, a 12 VI 1946 roku prezydent Bierut mianował go profesorem nadzwyczajnym mineralogii i petrografii na tym Wydziale. Po uczynieniu go kierownikiem zakładu docent Marię Kołaczkowską mianowano w 1947 roku profesorem nadzwyczajnym Uniwersytetu Łódzkiego, a wkrótce przeniesiono ją stamtąd na Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu48.
Organizacja, zasadnicze funkcje i skład personalny zakładów nauk geologicznych nawiązywały do stanu przedwojennego. Wróciły one na swoje dawne miejsce na Wydziale Matematyczno-Przyrodniczym i trwały tam do 1951 roku, gdy weszły w skład krótko istniejącego Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi, który się wtedy z niego wyłonił. Różnica struktury była tylko ta, że od Zakładu Geologii oddzielił się Zakład Paleontologii, stając się drugą po wojnie odrębną jednostką uniwersytecką z tego zakresu obok katedry krakowskiej. Mimo wszelkich niedostatków kadry i wyposażenia, obecność Samsonowicza i Kozłowskiego czyniła warszawski ośrodek nauk geologicznych jednym z najmocniejszych pośród kilku uniwersyteckich, składających się – tak jak przed wojną – z jednego do trzech zakładów. Był jeszcze silny zespół katedr w Uniwersytecie Jagiellońskim, pojedyncze w Poznaniu i Lublinie, a choć zabrakło utraconych we Lwowie i Wilnie, to powstały nowe we Wrocławiu i Toruniu, utworzone z przesiedlonej ze Lwowa i z Wilna kadry akademickiej.
Na wykłady z geologii i paleontologii z początku uczęszczało po kilku, co najwyżej kilkunastu studentów. Tylko wykłady mineralogii gromadziły stu kilkudziesięciu słuchaczy, bo słuchali ich studenci farmacji, fizyki i chemii. Toteż zatrudnienie asystentów było podobne jak przed wojną, bo do 1946 roku było ich zaledwie czworo: Henryk Makowski, asystent Samsonowicza jeszcze ze Lwowa, Krystyna Pożaryska w Zakładzie Paleontologii oraz Barbara Nadrowska-Penkala i Tadeusz Penkala (który w 1946 roku uzyskał magisterium z krystalografii u Łaszkiewicza i w 1949 roku z chemii u profesora Wojciecha Świętosławskiego) w Zakładzie Mineralogii i Petrografii.
Geologia zyskiwała rosnące zainteresowanie młodzieży, a możliwości ich kształcenia trochę się poprawiły, gdy jesienią 1947 roku wszystkie trzy zakłady pomieszczono (kątem wprawdzie) w odbudowanym gmachu uniwersyteckiej chemii przy ulicy Pasteura. W roku akademickim 1949/1950 nauki geologiczne studiowało już 78 słuchaczy, a w następnym przyjęto kolejnych 46 osób49. Najmniejszy udział miała w tym paleontologia, bo w latach 1950–1952 tak ukierunkowane studia ukończyły zaledwie trzy osoby i to studiujące biologię (Zofia Kielan, Julian Kulczycki i Adam Urbanek)50. Personel akademicki pozostał bardzo nieliczny, bo we wszystkich zakładach pracowało razem 14 osób, w tym 8 na pół etatu51.
Gdy wydawało się, że grono odtwarzające geologiczny fragment uniwersytetu najgorsze ma już za sobą, Zakład Mineralogii i Petrografii spotkało kolejne nieszczęście. W lutym 1949 roku aresztowano Antoniego Łaszkiewicza. Łaszkiewiczowi, który działał w AK, walczył w Powstaniu Warszawskim i przetrwał wojnę na wolności, pod komunistyczną władzą wytoczono sfingowany proces polityczny i wsadzono na sześć lat do więzienia. Zgubiła go pasja filatelistyczna (był ekspertem międzynarodowym), która naraziła go na podejrzenia wykorzystywania kontaktów zagranicznych do celów szpiegowskich. W Zakładzie nastąpiła zupełna zapaść. Zakład najbardziej obciążony dydaktyką pozostał bez kierownictwa i wykładowców. Formalną opiekę sprawowali nad nim profesorowie Kozłowski i Różycki, całość dydaktyki najpierw spadła na barki Tadeusza Penkali, a potem wykładów praktycznie nie było. Zaradzono temu dopiero, sprowadzając z Lublina profesor Marię Turnau-Morawską, która 23 III 1951 roku objęła kierownictwo Zakładu. Powierzenie jej tej funkcji przyniosło radykalną reorientację głównego kierunku działalności Zakładu z krystalograficzno-mineralogicznego na petrograficzny, jak się okazało – trwałą.
Po uwięzieniu Łaszkiewicza pojawił się wprawdzie jeszcze przed profesor Turnau-Morawską na Wydziale Matematyczno-Przyrodniczym przeniesiony 22 I 1951 z Uniwersytetu Wrocławskiego profesor Ludwik Marian Chrobak (1896–1982)52, jednak nie zastąpiono nim Łaszkiewicza, choć był podobnie jak on krystalografem i mineralogiem. Chrobak miał obszerny dorobek przedwojenny, dotyczący głównie rentgenograficznych studiów nad strukturą minerałów oraz ich składem chemicznym53, a profesorem został jeszcze na Uniwersytecie Jana Kazimierza we Lwowie. Przynajmniej w listopadzie 1950 roku postanowiono jednak, że Chrobak obejmie Katedrę Krystalografii, która wejdzie w skład organizowanego na Wydziale zespołu katedr chemicznych54 i stało się tak w lutym 1951 roku55. Po kolejnych fazach rozpadu Wydziału znalazła się ona ostatecznie w 1955 roku na Wydziale Chemii.
Rozłączenie się krystalografii z geologią i wysunięcie petrografii przed mineralogię miało zapewne w UW więcej niż jedną przyczynę. Bez wątpienia zaważył na tym ubytek dwóch profesorów i docenta, którzy tamte kierunki uprawiali. Łaszkiewicz wyszedł na wolność w 1955 roku, ale piętno niezawinionego wyroku odsunęło go bezpowrotnie od Uniwersytetu, znalazł więc później zatrudnienie w PIG i w Muzeum Ziemi PAN. W 1950 roku przeszła też z Uniwersytetu do powstającej Akademii Medycznej farmacja, która z ich usług dydaktycznych najwięcej korzystała. Co prawda w historii nauk mineralogicznych na UW wybór dominującego kierunku zależał nie tyle od kierunku ich ewolucji, ile od upodobań profesorów, to jednak od dłuższego czasu dokonywało się też przewartościowanie znaczenia starszych działów nauk mineralogicznych dla całości geologii. Najważniejsza dla niej stała się petrografia w swej zaawansowanej, petrologicznej odmianie podejmująca zagadnienia petrogenezy i jej geologicznych uwarunkowań. Sygnałem tego stało się już dodanie petrografii do mineralogii w nazwie przedwojennego zakładu Thugutta, mimo że bez wyraźnych konsekwencji w jego profilu naukowym.
Tymczasem krystalografię, która narodziła się i rozwinęła w łonie mineralogii z badań naturalnych kryształów, na nowe tory skierowało przełomowe odkrycie dyfrakcji promieniowania rentgenowskiego na kryształach z 1912 roku (Max von Laue, Nagroda Nobla w 1914 roku). Wprawdzie stała się ona najpierw podstawowym źródłem wiedzy o strukturze minerałów, ale wkrótce zastosowano ją również do badania budowy rozmaitych substancji otrzymywanych w laboratoriach chemicznych w formie krystalicznej. Skoncentrowała się ona na badaniach strukturalnych substancji natury biologicznej, jak białka, wirusy i inne złożone układy mogące przybierać postać krystaliczną, a problematyka mineralogiczna zeszła na dalszy plan jej zainteresowań.
Do systematycznej pracy naukowej we wczesnych latach powojennych brakowało warsztatów, przygotowany do niej był mało kto poza profesorami, a ich czas i energię pochłaniały na razie pilniejsze potrzeby. Mimo to w latach 1945–1951 w trzech zakładach nauk geologicznych powstawało średnio 10 publikacji rocznie56, choć nie wszystkie miały charakter ściśle naukowy. W szkołach średnich uczono jeszcze wtedy geologii, więc Samsonowicz zaraz po wojnie napisał dla nich podręcznik, a w 1949 roku przygotował razem z profesorem Marianem Książkiewiczem z Uniwersytetu Jagiellońskiego Zarys geologii Polski jako część zamierzonego drugiego wydania Encyklopedii PAU. Była to pierwsza geologiczna synteza regionalna w nowych granicach politycznych Polski.
Ukazywały się też prace przygotowane jeszcze przed wojną albo w czasie jej trwania. Już w 1945 roku na Wydziale Matematyczno-Przyrodniczym habilitował się Różycki na podstawie rozprawy Baton, kelowej i oksford Jury Krakowsko-Częstochowskiej, a rok później został profesorem nadzwyczajnym. Senior mineralogii, niezmordowany profesor Thugutt w 1946 roku wydał 11 publikacji, nad którymi pracował w czasie okupacji. Samsonowicz pożegnał się z geologią utraconego Wołynia pracą z 1951 roku o tamtejszym dewonie. Opublikował ją w zeszycie pierwszego rocznika założonego przez siebie nowego czasopisma „Acta Geologia Polonica”.
Wydarzeniem o światowym znaczeniu naukowym, a dla odradzającej się nauki polskiej wręcz symbolicznym, było wydanie w 1949 roku monografii Kozłowskiego zmieniającej gruntownie pogląd na pozycję systematyczną graptolitów. Jej losy miały niezwykłą historię, wplecioną w dramaty wojenne57. Praca była przygotowana do druku, gdy wybuchła wojna. Jej tekst przetrwał zagładę Warszawy w spalonym domu przy ulicy Brzozowej, ukryty w piecu centralnego ogrzewania, a plansze z ilustracjami, malowane akwarelami przez autora, odnalazły się w Paryżu, dokąd przed wojną wysłano je do druku. Kozłowski wydał ją jako trzeci tom „Palaeontologia Polonica”. Dowodził w niej, że graptolity nie należą – jak dotychczas sądzono – do stułbiopławów, lecz są półstrunowcami. Zmiana ta wznosiła je do nieoczekiwanie wysokiej pozycji wśród bezkręgowców. Przywiodła go do tego poglądu wnikliwa analiza anatomii nadzwyczajnie zachowanych okazów, wypreparowanych kwasem fluorowodorowym ze skał krzemionkowych z Wysoczek. Odkrycie Kozłowskiego zyskało szeroki rozgłos, gdyż graptolity są jedną z najpowszechniej występujących i bardzo zróżnicowaną grupą skamieniałości paleozoicznych, a w ordowiku i sylurze były główną podstawą podziału biostratygraficznego.