Wymienieni profesorowie Akademii Medyko-Chirurgicznej należeli do wybitnych dydaktyków i uczonych na miarę europejską. Najwybitniejszy polski lekarz drugiej połowy XIX wieku – Tytus Chałubiński, po powrocie w 1845 roku do kraju po studiach lekarskich w Niemczech, pracował jako lekarz naczelny Szpitala Ewangelickiego w Warszawie. W 1859 roku objął kierownictwo Katedry Terapii Szczegółowej i Kliniki Chorób Wewnętrznych w Akademii Medyko-Chirurgicznej, a następnie Szkoły Głównej. Nie posiadając dyplomu doktorskiego którejkolwiek uczelni rosyjskiej, a zwłaszcza nie godząc się na wykłady w języku rosyjskim w warszawskim uniwersytecie, został zdymisjonowany przez władze carskie. Poświęcił się wówczas leczeniu prywatnemu i pracy naukowej. W 1874 roku wydał swą najgłośniejszą pracę – O wynajdywaniu wskazań lekarskich. Plan leczenia i jego wykonanie, w której zebrał swe doświadczenie lekarskie. Opuszczenie uczelni dało mu dużo więcej czasu na inne jego pasje – kolekcjonowanie minerałów i badania botaniczne (był drugim po księdzu Janie Krzysztofie Kluku wielkim polskim briologiem, znawcą mszaków). Jako członek Tymczasowej Rady Miasta brał czynny udział w reformie szkolnictwa średniego; tu domagał się zwiększenia godzin i podwyższenia poziomu nauczania przedmiotów ścisłych. Był współzałożycielem (1871) i prezesem (1871–1886) Kasy im. Mianowskiego. Ostatnie dwa lata życia związał całkowicie z Zakopanem. Poznał tę wieś w roku 1852 i od 1873 roku wyjeżdżał tam co roku. To on odkrył wartości klimatyczne Podhala i dzięki temu stał się pionierem klimatycznego leczenia gruźlicy płuc. Stał się gorącym orędownikiem przyrody tatrzańskiej i kultury góralskiej, a także jednym z pionierów taternictwa polskiego. Należał do założycieli Towarzystwa Tatrzańskiego (1884) i Muzeum Tatrzańskiego (1889).
Wiktor Szokalski od połowy lat 30. do końca lat 50. XIX wieku przebywał w Paryżu, gdzie zyskał sławę najwybitniejszego okulisty francuskiego. Po powrocie do kraju stworzył w Warszawie Instytut Oftalmiczny, a następnie – w 1861 roku – objął profesurę, kolejno w: Akademii Medyko-Chirurgicznej, Szkole Głównej Warszawskiej i krótko w Uniwersytecie Cesarskim. Był inicjatorem na terenie zaboru rosyjskiego pierwszych norm ochrony zdrowia robotników. Poza wydaniem licznych prac z zakresu fizjologii, higieny i terapii chorób oczu, był autorem pierwszej polskiej rozprawy poświęconej wypadkom przy pracy.
Ludwik Maurycy Hirszfeld należał do najsłynniejszych anatomów europejskich połowy XIX wieku. Nie posiadając żadnego wykształcenia (ze szkołą podstawową włącznie), postanowił studiować medycynę, najpierw we Wrocławiu, a od 1833 roku w Paryżu. Nie mając ku temu żadnych możliwości, rozpoczął pracę obducenta w Zakładzie Anatomii profesora Jeana Baptiste’a Bourgery’ego. Po otrzymaniu stopnia doktorskiego w 1848 roku został jako jego następca profesorem nadzwyczajnym anatomii opisowej. W 1859 roku przyjął zaproszenie objęcia Katedry Anatomii w warszawskiej Akademii Medyko-Chirurgicznej. Następnie prowadził wykłady w Szkole Głównej i Cesarskim Uniwersytecie Warszawskim. Dwoma dziełami zwłaszcza przeszedł do światowej i polskiej historii medycyny. Międzynarodową sławę przyniósł mu podręcznik Neurologie ou déscription et iconographie du systéme nerveux (1853) i pierwszy pełny nowoczesny polski podręcznik Anatomii opisowej ciała ludzkiego w czterech tomach (1860–1870).
Henryk Fryderyk Hoyer był organizatorem studiów histologicznych i fizjologicznych w Warszawie oraz założycielem i kierownikiem pierwszego w Polsce Zakładu Histologii. Stworzył ogromną szkołę naukową, z której wyszli nie tylko badacze w zakresie nauk podstawowych (bakteriolodzy Odo Bujwid i Stefan Marian Jakowski, cytolog Wacław Mayzel, wielki ewolucjonista Józef Nusbaum-Hilarowicz i światowej sławy botanik Adolf Strasburger), ale i klinicyści wszelkich specjalności (internista Teodor Dunin, neurolog Izydor Fajersztajn-Krzemicki, otolaryngolog Teodor Heryng, okulista Walenty Kamocki i chirurg Władysław Matlakowski). Już w swej pierwszej publikacji – De tunicae mucosae narium structura (1857) dokonał ważnego odkrycia. Zbadał bowiem i opisał budowę błony śluzowej jamy nosowej jako w większości pokrytej nabłonkiem jednowarstwowym walcowatym. Był autorem pierwszego polskiego podręcznika ze swojej podstawowej dyscypliny Histologja ciała ludzkiego, wydanego w 1862 roku; wprowadził w nim nowoczesną i pełną terminologię z tego zakresu w języku polskim. Jego największym osiągnięciem naukowym było odkrycie i opisanie w 1873 roku bezpośrednich połączeń (anastomoz) tętniczo-żylnych, umożliwiających przepływ krwi z pominięciem naczyń włosowatych. Otrzymały one używany powszechnie eponim kłębków Hoyera. Ze względu na stopniową utratę wzroku w późniejszym okresie zajął się intensywnie logiką medycyny, mianownictwem medycznym i zagadnieniami ewolucjonizmu. Był między innymi członkiem czynnym Akademii Umiejętności w Krakowie (1895), doktorem honoris causa Uniwersytetu Jagiellońskiego (1900) oraz członkiem założycielem Towarzystwa Naukowego Warszawskiego (1907). Członkiem korespondentem krakowskiej Akademii został przeszło 20 lat wcześniej, jednak austriackie władze oświatowe nie zatwierdziły wówczas tego wyboru, słusznie obawiając się interwencji rządu carskiego.
Naczelny lekarz Szpitala Dzieciątka Jezus w Warszawie (od 1840 roku), prezes Towarzystwa Lekarskiego Warszawskiego (1854–1856 i 1866) oraz profesor i dyrektor Kliniki Chirurgicznej Akademii Medyko-Chirurgicznej, a następnie Szkoły Głównej Warszawskiej (od 1860 roku) – Aleksander Le Brun, należał do najwybitniejszych chirurgów swojej epoki zarówno z punktu widzenia stosowanych technik operacyjnych, jak i ze względu na wprowadzanie nowych metod chirurgicznych czy wreszcie na polu organizatorskim. Był pierwszym polskim chirurgiem, który zastosował metodę ogólnego znieczulenia chloroformowego podczas zabiegu chirurgicznego. Było to w roku 1847, w tym samym, w którym podobną operację jako pierwszy na świecie przeprowadził szkocki położnik James Simpson. Na swoim oddziale w Szpitalu Dzieciątka Jezus wszystkie zabiegi prowadził na po raz pierwszy wydzielonych i specjalnie przystosowanych do tego salach operacyjnych, wprowadził codzienne obchody lekarskie i całodobowe dyżury; każdy chory musiał mieć własną kartę obserwacyjną. Wymienione przepisy administracyjne, tak korzystne dla pacjentów i ważne dla prawidłowej pracy oddziałów klinicznych, były pionierskie w skali kraju.
Drugim profesorem chirurgii, pracującym w tamtym czasie w uczelniach warszawskich, był Polikarp Girsztowt. Zasłużył się jako organizator i szef służby zdrowia podczas powstania styczniowego. W 1858 roku został profesorem chirurgii teoretycznej w Akademii Medyko-Chirurgicznej i pozostał na tym stanowisku w Szkole Głównej. Był pierwszym, który w Warszawie zajmował się chirurgią doświadczalną. W czasie powstania styczniowego był szefem Komisji Lekarskiej przy Wydziale Wojny Rządu Narodowego. Następnie – w 1866 roku – założył „Gazetę Lekarską”, której był redaktorem i wydawcą. Był też twórcą serii wydawniczej „Biblioteka Umiejętności Lekarskich”, spełniającej w owych latach ważną rolę podręcznika. Sam również w tym czasie napisał podręcznik – Chirurgia ogólna i szczegółowa, oparty na dziele Billrotha i Koeniga. Zmarł w wyniku szczególnego wypadku. Zwolniony przez niego z pracy zecer drukarni zranił go nożem w udo, uszkadzając tętnicę głęboką uda. Zraniony sam ucisnął sobie tętnicę biodrową, po czym spokojnie posłał po mieszkającego w pobliżu profesora Juliana Kosińskiego. Ten nie mógł opanować krwawienia, wobec czego musiał podwiązać tętnicę udową wspólną w dwóch miejscach; wskutek tego doszło do zgorzeli kończyny. W objawach ogólnego zakażenia Girsztowt zmarł kilka dni później – 5 XI 1877 roku.
W roku 1861 została przywrócona w Królestwie Komisja Rządowa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego, na której czele stanął hrabia Aleksander Wielopolski. Dzięki jego staraniom powstała Szkoła Główna Warszawska z czterema wydziałami: prawno-administracyjnym, filologiczno-historycznym, matematyczno-fizycznym i lekarskim. Ten ostatni powstał w wyniku włączenia do Szkoły Głównej Akademii Medyko-Chirurgicznej. Rektorem uczelni został znany w Cesarstwie profesor medycyny Józef Mianowski, a dziekanem Wydziału Lekarskiego profesor chirurgii – Aleksander Antoni Le Brun. Wśród wykładowców, poza profesorami poprzedniej Akademii (tak jak Le Brun), znalazły się również nowe osoby. Wśród nich byli Włodzimierz Ludomir Brodowski (1825–1910), profesor anatomii patologicznej, Feliks Franciszek Nawrocki (1838–1902), wybitny fizjolog, Romuald Pląskowski (1821–1896), profesor psychiatrii, autor jednego z najlepszych podręczników z tej dziedziny, jakie wówczas wydano, i inni.
Włodzimierz Brodowski był profesorem Akademii Medyko-Chirurgicznej (od 1861 roku), Szkoły Głównej i Uniwersytetu Cesarskiego (do 1897 roku). Na terenie obu tych uczelni krzewił założenia Rudolfa Virchowa, pozostając absolutnym zwolennikiem komórkowej teorii choroby. Studenci go szanowali ze względu na doskonałe wykłady i sprawiedliwość w ocenianiu, ale też utrzymawali duży dystans z powodu surowości i apodyktyczności. Znakomity chirurg Władysław Matlakowski, wcześniej student Brodowskiego, określał go jako człowieka zimnego, milczącego, posępnego i zgryźliwego, próbując to wyjaśniać „czy z natury, czy też skutkiem ciągłej styczności z trupami”2. Zaraz po utworzeniu uczelni rosyjskiej został dziekanem Wydziału Lekarskiego i pełnił tę funkcję aż 18 lat. Wykładał tu po rosyjsku, którym to językiem władał perfekcyjnie. W latach 1868–1874 i 1888–1890 był prezesem Towarzystwa Lekarskiego Warszawskiego, a w roku 1885 został pierwszym prezesem Towarzystwa Opieki nad Nerwowo i Umysłowo Chorymi w Warszawie. Był autorem Rysu ogólnej anatomii patologicznej (1869), którego niestety nie ukończył. W dziele tym przedstawił m.in. oryginalny podział nowotworów. Wyszczególnił nowotwory zbudowane z samych komórek, z komórek i substancji międzykomórkowej, z tkanek wyższej organizacji i narządowe.
Feliksa Nawrockiego uważa się za jednego z pionierów doświadczalnego kierunku w polskiej fizjologii. W 1868 roku został profesorem Szkoły Głównej, po czym przeszedł do uniwersytetu rosyjskiego. Uchodził za badacza niezwykle wszechstronnego. Zajmował się fizjologią serca i naczyń krwionośnych oraz układu nerwowego. Badał mechanizmy wydzielania śliny i potu oraz ośrodki psychomotoryczne w korze mózgowej. Pozostawił także prace z zakresu farmakologii, histologii, toksykologii, chemii sądowej i historii medycyny. W latach 1873–1874 był redaktorem naczelnym „Pamiętnika Towarzystwa Lekarskiego Warszawskiego”.
Romuald Pląskowski kierownictwo Kliniki Chorób Umysłowych w Szkole Głównej otrzymał w 1864 roku; następnie prowadził ją w Uniwersytecie Cesarskim. Był pierwszym profesorem psychiatrii w Polsce. Zasługi Pląskowskiego polegają przede wszystkim na wykształceniu wielu lekarzy tej specjalności i na stworzeniu polskiego mianownictwa psychiatrycznego (Wyrazownictwo polskie chorób umysłowych, 1865). Był zdecydowanym propagatorem nowoczesnych humanitarnych metod leczenia według zasad Philippe’a Pinela i Jeana-Etienne’a Esquirola. Był pierwszym polskim ekspertem sądowo-lekarskim w zaborze rosyjskim. Był autorem m.in. dwutomowego podręcznika Psychiatrya ze słownikiem mianownictwa psychiatrycznego (1868, 1884). Przez wiele lat współredagował „Gazetę Lekarską”.
Obie wymienione powyżej uczelnie znakomicie wypełniły role naukowe, a zwłaszcza oświatowe w zaborze rosyjskim. W Akademii Medyko-Chirurgicznej studia lekarskie odbyło 413 osób, a farmaceutyczne – 184. Dziesięć osób otrzymało doktoraty medycyny. W Szkole Głównej liczba studentów systematycznie rosła, np. w roku 1862/1863 na Wydziale Lekarskim znajdowało się 100 studentów medycyny i 33 farmacji, zaś w roku 1868/1869 już ponad 300 studentów medycyny i 48 farmacji. Rozwijające się intensywnie nauczanie w Szkole Głównej zostało przerwane na skutek wybuchu powstania styczniowego. Powołana została wówczas Komisja, w której skład wchodzili Polikarp Girsztowt (jako przewodniczący), Władysław Stankiewicz i Włodzimierz Dybek (chirurdzy), Feliks Sommer i Karol Kaczkowski (interniści) oraz Ludwik Januszkiewicz (okulista). Do jej obowiązków należało zaopatrzenie lekarzy i szpitali w narzędzia chirurgiczne oraz współpraca z władzami powstania.