W 1869 roku władze rosyjskie przekształciły Szkołę Główną w rosyjskojęzyczny Cesarski Uniwersytet Warszawski. W pierwszych latach władze uczelni jeszcze tolerowały polskich profesorów Szkoły Głównej. Dlatego Stanisław Przystański pozostał na stanowisku p.o. profesora i nadal prowadził wykłady fizyki doświadczalnej oraz specjalny kurs ciepła i elektromagnetyzmu aż do 1872 roku, kiedy zwolnił się na własną prośbę. Był dziekanem Wydziału Matematyczno-Fizycznego w latach 1869/1870 i 1870/1871.

Na Uniwersytecie Cesarskim pozostał także Tytus Babczyński. W 1872 roku uzyskał on na uniwersytecie w Petersburgu stopień doktora mechaniki, po czym został mianowany profesorem zwyczajnym. Wykładał mechanikę analityczną i praktyczną aż do 1887 roku, w którym przeszedł na emeryturę. Pełnił funkcję dziekana Wydziału Matematyczno-Fizycznego w latach 1874/1875, 1875/1876, 1879/1880, 1880/1881, 1881/1882.

Również Nikodem Pęczarski pozostał na Uniwersytecie jako p.o. profesora i wykładał przedmioty matematyczne do roku 1871. Wreszcie wspomniany wyżej Eugeniusz Dziewulski pozostał do 1882 roku na stanowisku laboranta w Gabinecie Fizycznym.

Najwybitniejszym rosyjskim fizykiem w Warszawie był Piotr Aleksiejewicz Ziłow (1850–1921), absolwent Uniwersytetu Moskiewskiego (1873), który uzupełniał studia w Heidelbergu i Berlinie (1874–1877) i został profesorem Wyższej Szkoły Technicznej w Moskwie. W roku 1884 rozpoczął pracę jako profesor Cesarskiego Uniwersytetu Warszawskiego. Przebywał w Warszawie do 1905 roku. Był on aktywnym eksperymentatorem, zajmował się dielektrykami, magnetyzmem, prowadził doświadczenia mające potwierdzić teorię Maxwella (badał związek współczynnika załamania i przenikalności dielektrycznej). Większość swych istotnych wyników, które publikował w prestiżowych periodykach niemieckich i francuskich, uzyskał jednak przed przyjazdem do Warszawy. Podczas pobytu w Warszawie publikował głównie w czasopismach rosyjskojęzycznych. Jedno z nich sam założył w Warszawie35. Był dziekanem Wydziału Matematyczno-Fizycznego w latach 1901/1902, 1902/1903 i rektorem uczelni w roku 1904/1905. Był bardzo negatywnie nastawiony do Polaków, studenci go nienawidzili, wygwizdywali podczas wykładów, a raz nawet został uderzony rzuconym z sali kaloszem.

Nikołaj Grigoriewicz Jegorow (1849–1919), fizyk eksperymentator, absolwent uniwersytetu w Petersburgu (1870), był profesorem Cesarskiego Uniwersytetu Warszawskiego w latach 1878–1884 i szczególnie dbał o Gabinet Fizyczny. Potem, po powrocie do Rosji, do 1900 roku był profesorem Akademii Wojskowo-Medycznej w Petersburgu, a następnie pracował w głównym urzędzie miar i wag. Jegorow prowadził badania eksperymentalne w dziedzinie analizy widmowej, elektromagnetyzmu, promieniotwórczości i metrologii36.

Inni fizycy rosyjscy w Uniwersytecie Cesarskim to: teoretyk Aleksiej Pietrowicz Sokołow (1854–1928), absolwent Uniwersytetu Moskiewskiego, który pracował jako docent w Warszawie w latach 1881–1882, a od 1883 roku był profesorem w Uniwersytecie Moskiewskim; eksperymentator Siergiej Iwanowicz Lamanski (1841–1901) oraz Boris Wjaczesławowicz Stankiewicz, który był profesorem fizyki matematycznej i geografii fizycznej. Ponadto fizykę matematyczną i mechanikę wykładali: Nikołaj Jakowlewicz Sonin (1849–1915) w latach 1872–1894 oraz Paweł Osipowicz Somow (1852–1919) w latach 1886–1906.

Rosyjscy fizycy, profesorowie Uniwersytetu Cesarskiego, reprezentowali znacznie wyższy poziom merytoryczny niż polscy wykładowcy ze Szkoły Głównej. Mieli oryginalne wyniki, które publikowali nie tylko w periodykach rosyjskich, lecz także w czasopismach niemieckich i francuskich37.

Największe znaczenie dla nauki miały wyniki badań nad strukturą kryształów, które prowadził krystalograf Georgij Wiktorowicz Wulf (1863–1925). On sam był absolwentem Uniwersytetu Cesarskiego, który ukończył w 1885 roku i pracował na nim do 1909 roku. Potem był profesorem w Kazaniu i w Moskwie.

Trzeba przyznać, że rosyjskie władze uczelni zadbały o rozwój laboratoriów fizyki:

„W Warszawie pomieszczenia fizyczne zajmowały 70 sążni kwadratowych, nie licząc audytorium; w okresie od 1870 do 1883 roku wydano na nowe przyrządy i ich wyposażenie 20000 rubli, a z zamkniętego instytutu technicznego w Łodzi otrzymano przyrządów za 4000 rubli”38.

Młodzież polska starała się bojkotować rosyjskojęzyczną uczelnię. Zamożniejsi mogli sobie pozwolić na wyjazd na studia za granicę. Było jednak wielu takich, którzy mimo wszystko wybierali studia w Uniwersytecie Cesarskim. Uczelnię tę ukończyło z powodzeniem wielu Polaków, którzy potem odgrywali znaczącą rolę w nauce i polityce.

Wybitnym fizykiem, wychowankiem Cesarskiego Uniwersytetu Warszawskiego, był Wiktor Biernacki (1869–1918), brat Edmunda, sławnego lekarza patologa. Kształcił się w gimnazjach w Kielcach i Lublinie. Studia matematyczno-fizyczne odbył w Petersburgu (1886–1888) i Warszawie (1888–1891), uzyskując stopień kandydata na podstawie rozprawy o współczynniku załamania benzolu. Po dodatkowych studiach w Berlinie, pod kierunkiem Augusta Kundta i Hermanna Helmholtza, został asystentem (1891–1895) Piotra Ziłowa w Cesarskim Uniwersytecie Warszawskim. Od 1897 roku wykładał fizykę w świeżo utworzonej Szkole Mechaniczno-Technicznej, ufundowanej przez Hipolita Wawelberga i Stanisława Rotwanda, i stworzył tam bardzo dobrze wyposażoną pracownię fizyczną. W roku 1898 został docentem fizyki w nowo otwartym Warszawskim Instytucie Politechnicznym, gdzie także zorganizował doskonałą pracownię fizyczną. Biernacki był twórczym fizykiem, autorem wielu oryginalnych przyczynków w dziedzinie elektromagnetyzmu oraz doskonałej książki Nowe rodzaje widma (Warszawa 1898)39.

Drugim wybitnym wychowankiem Cesarskiego Uniwersytetu Warszawskiego był pochodzący ze Zgierza Henryk Merczyng (1860–1916)40, który po ukończeniu gimnazjum w Warszawie studiował na Wydziale Fizyczno-Matematycznym i ukończył go z wyróżnieniem w 1882 roku. Potem wyjechał do Petersburga na dalszą naukę w renomowanym Instytucie Inżynierów Komunikacji. Po krótkim pobycie w Puławach, gdzie pracował jako urzędnik, wrócił do Petersburga i zatrudnił się w Instytucie, w którym studiował. Uzyskał tam kolejne stopnie naukowe, aż do profesora.

Merczyng był człowiekiem renesansowym, publikował nie tylko wybitne prace z fizyki (głównie mechaniki płynów, termodynamiki i elektrotechniki), ale był także wyróżniającym się historykiem reformacji i badaczem dziejów oświaty. Mieszkając i pracując w Petersburgu, utrzymywał ścisły związek z uczonymi polskimi w zaborach, publikował w Warszawie książki i pisał liczne artykuły do polskich periodyków, w tym do wydawnictw Akademii Umiejętności.