Cesarz Aleksander I, na mocy decyzji Kongresu Wiedeńskiego, ustanowił nowe państwo polskie z terytorium okrojonego Księstwa Warszawskiego w postaci Królestwa Kongresowego. Aleksander I przyznał sobie tytuł króla polskiego, nadając Królestwu dość liberalną konstytucję. W myśl tej konstytucji powstał rząd, złożony wyłącznie z Polaków, dwuizbowy parlament, z namiestnikiem Królestwa – generałem Józefem Zajączkiem – na czele. Jedną z pięciu utworzonych komisji (spełniały faktycznie funkcje ministerstw) była rządowa Komisja (Ministerstwo) Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego, na której czele stanął Stanisław Kostka Potocki. W pierwszym okresie nowy układ polityczny wpłynął dobrze na stosunki krajowe. Odbudowywała się i rozbudowywała Warszawa, natomiast poza granicami Królestwa pozostały Wilno i Kraków. Wobec tego zdecydowano, aby na miejscu – w Warszawie – powstał Uniwersytet, jako w pewnym stopniu następca powstałej w 1808 roku Szkoły Prawa i Administracji i utworzonego w 1809 roku Wydziału Akademicko-Lekarskiego (Szkoły Lekarskiej). Za zgodą Aleksandra I nowa uczelnia rozpoczęła działalność 19 XI 1816 roku pod nazwą Królewskiego Uniwersytetu Warszawskiego z pięcioma wydziałami: teologii, prawa i administracji, medycyny, filozofii oraz nauk i sztuk pięknych.
W początkowym okresie działalności uczelni utworzono Radę Ogólnouniwersytecką, której najważniejszym zadaniem było ułożenie statutu i czasowe przejęcie funkcji rektorskich. W jej skład weszły znane i zasłużone osoby z Komisji Rządowej oraz osoby pełniące funkcje dziekanów. O randze Komisji Rządowej stanowili niektórzy jej członkowie. Na pierwszym miejscu wymienić trzeba Stanisława Staszica, jednego z głównych przedstawicieli polskiego oświecenia. Staszic miał wielkie zasługi w zorganizowaniu Uniwersytetu, a także nieco później – w tworzeniu Szkoły Przygotowawczej do Instytutu Politechnicznego. Ważne miejsce zajął w Komisji Samuel Bogumił Linde, twórca nowoczesnej polskiej leksykografii, autor monumentalnego Słownika języka polskiego w sześciu tomach, w owym czasie dyrektor Liceum Warszawskiego. Istotną rolę odgrywał też Wawrzyniec Surowiecki, ekonomista, statystyk i historyk, prekursor antropologii fizycznej w Polsce. Był na terenie Królestwa zasłużonym propagatorem założeń klasycznej szkoły ekonomicznej. Statut (tymczasowy) uniwersytetu został skonstruowany na podstawie (również tymczasowego) podobnego aktu Szkoły Głównej Krakowskiej z 1814 roku. Nie utrzymał się jednak długo, gdyż już w 1821 roku opracowano następny. Główną troską Rady stała się organizacja pracy wydziałów, obsadzanie stanowisk profesorskich i przygotowanie pomieszczeń dla uczelni. Zadania te wypełniła ona dobrze. Novum na ziemiach polskich było zarządzenie, że do Uniwersytetu Warszawskiego będą mieli wstęp tylko absolwenci pełnych szkół średnich ze świadectwem dojrzałości.
1. Pałac Kazimierzowski w 1824 roku
W dniu 2 III 1818 roku pierwszym rektorem uczelni został wybrany ksiądz Wojciech Anzelm Szweykowski, dotychczasowy dziekan Wydziału Teologicznego. W tym momencie skończyła się praca Rady Ogólnej Uniwersyteckiej. W 1821 roku zwolniono z kierownictwa Ministerstwa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego Stanisława Potockiego, mianując na jego miejsce Stanisława Grabowskiego, człowieka wyjątkowo lojalnego i oddanego władzy cesarskiej, związanego z senatorem Nikołajem Nowosilcowem. Grabowski, zresztą naturalny syn króla Stanisława Augusta, reprezentował jednoznacznie interesy rosyjskie, przez co był nazywany nawet „ministrem ociemnienia publicznego”. Od czasu, gdy zaczął kierować Ministerstwem Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego, pogorszyły się warunki pracy w uczelni, czego przykładem może być fakt, że nadrzędna dla niej Kuratoria Generalna była reprezentowana przez inspektorów, czyli wybranych urzędników rosyjskich lub prorosyjskich.
Wydział Lekarski Królewskiego Warszawskiego Uniwersytetu początkowo był zorganizowany podobnie jak Wydział Akademicko-Lekarski. Jego organizatorem i zarazem pierwszym dziekanem był Hiacynt Dziarkowski, wcześniej dziekan dawnego Wydziału. Zasłużył się on w utworzeniu niemal od początku Katedry Medycyny Teoretycznej i Praktycznej. Był autorem przysięgi dla kończących medycynę, obowiązującej przez cały czas działalności Uniwersytetu. Niewątpliwie za nowatorskie należy uznawać niezgadzanie się przez niego na uszczuplanie personelu nauczycielskiego, na wykładanie przez jednego profesora kilku przedmiotów oraz na żądania przedłużenia studiów lekarskich z czterech do pięciu lat.
Były również problemy. W roku 1817 z funkcji profesorów Wydziału Lekarskiego zrezygnowało trzech wykładowców, jeszcze z czasów pierwszej uczelni – Józef Czekierski, August Wolff i Franciszek Brandt, co przysporzyło Uniwersytetowi kłopotów, zwłaszcza dydaktycznych. W tym czasie w stan spoczynku przeszedł Dziarkowski, co tym bardziej nie dawało dobrych perspektyw. Jednak powołany na jego miejsce Jan Bogumił Freyer nie dopuścił do upadku Wydziału i zapisał się znacząco w historii Uniwersytetu Królewskiego. Przede wszystkim uznał za konieczne stworzenie Kliniki Położniczej i mianowanie specjalisty na stanowisko jej profesora. W niedługim czasie powołano ją przy istniejącym Instytucie Położniczym, dotychczas kształcącym tylko położne. Dzięki Freyerowi od 1818 roku wielu profesorom Uniwersytetu, w tym z Wydziału Lekarskiego, ułatwiono zdobycie dyplomów naukowych dających veniam legendi.
W 1819 roku dziekanem Wydziału Lekarskiego został Andrzej Franciszek Dybek, dawny oficer służby zdrowia, wysokiej klasy chirurg. Przeniósł on kliniki uniwersyteckie ze Szpitala Sw. Rocha przy Krakowskim Przedmieściu do gmachu pojezuickiego przy ulicy Jezuickiej. Przez to cały Wydział Lekarski musiał się pomieścić w stosunkowo niewielkim budynku, dość daleko usytuowanym od Pałacu Kazimierzowskiego, czyli głównej siedziby Uniwersytetu. Warunki pracy w zakładach teoretycznych, tym bardziej w klinikach, były ciężkie ze względu na ciasnotę i brak odpowiedniego zabezpieczenia higienicznego. Trzy podstawowe kliniki – chirurgiczna, wewnętrzna i położnicza – liczyły po 12 łóżek każda. Stąd proponowano kilka projektów przeniesienia Wydziału Lekarskiego do innych budynków lub budowy nowych, odpowiednio urządzonych gmachów. Projekty te nie zostały zrealizowane; ostatni projekt profesora gen. Karola Kaczkowskiego, poparty przez Lubeckiego, Grabowskiego i wysoką administrację carską, miał szansę urzeczywistnienia, jednak przeszkodziła temu wojna polsko-rosyjska z 1830–1831 roku. Od roku akademickiego 1820/1821 studia lekarskie przedłużono do pięciu lat. Początkowo kształcono lekarzy niższych1 w ciągu trzech lat studiów i wyższych – w ciągu czterech. Później wymagania dla studentów medycyny zunifikowały się, a stopnie lekarskie po uzyskaniu dyplomu zostały uzależnione od zdania egzaminów i wykazania się dobrym postępem w przedmiotach teoretycznych i klinicznych.
Ostatnim dniem normalnego działania Królewskiego Warszawskiego Uniwersytetu był 30 XI 1830 roku. Studenci czwartego i piątego roku medycyny otrzymali możność szybszego kończenia studiów i jako lekarze wojskowi otrzymywali przydziały wojskowe. Profesor Karol Kaczkowski, dyrektor Kliniki Terapeutycznej, w lutym 1830 roku został mianowany naczelnym lekarzem Wojska Polskiego w randze generała. Po upadku powstania listopadowego lub – jak lepiej powiedzieć – po przegraniu wojny z Rosją, uniwersytet został zamknięty.