Proteomika i metabolomika - PDF

Kompendium nowoczesnych technik badawczych umożliwiających identyfikację, rozdzielanie i sekwencjonowanie białek. Do technik tych należą: elektroforeza jedno- i dwuwymiarowa oraz kapilarna, spektroskopia Ramana i spektrometria mas, chromatografia cieczowa, bloting białek i inne. Służą one analizie struktury białek oraz badaniu zależności między ich budową a sprawowaną przez nie funkcją biologiczną, m.in. w procesach metabolicznych.

Bogato ilustrowany podręcznik dla studentów, doktorantów i pracowników naukowych chemii, biochemii, biotechnologii i medycyny, a także pracowników przemysłu farmaceutycznego oraz firm biotechnologicznych.

Proteomika jest nauką zajmującą się badaniem struktury białek oraz zależności między budową danego białka a sprawowaną przez niego funkcją biologiczną. Zagadnienia z zakresu proteomiki obejmują rozdzielanie białek oraz ich sekwencjonowanie z wykorzystaniem nowoczesnych technik badawczych. Istotną część tego podręcznika poświęcono metabolomice – nowej dziedzinie badań białek i ich funkcji metabolicznych. Tę pionierską w Polsce prezentację najnowszych gałęzi nauki przygotowano na podstawie ostatnich publikacji i opracowań dostępnych w światowej literaturze przedmiotu.

Cennym uzupełnieniem tej książki są MATERIAŁY UZUPEŁNIAJĄCE, znajdujące się w linku poniżej, wśród których można znaleźć podstawowe dane potrzebne w codziennej pracy w laboratorium, m.in. tabele z zestawem mas aminokwasów i typowych sygnałów pochodzących od zanieczyszczeń próbek. Dołączono tu również wykaz ważniejszych adresów internetowych w aktywnej postaci, umożliwiających błyskawiczne dotarcie do informacji na temat poszczególnych metod i programów niezbędnych do prowadzenia eksperymentów lub ćwiczeń, a także na połączenie się z rozmaitymi bazami danych. W załączonych plikach znajdują się też wszystkie zamieszczone w książce ilustracje, a znakomita ich część prezentowana jest w wersji kolorowej, co pozwala na śledzenie ich na bieżąco podczas lektury książki lub wykorzystywanie podczas zajęć – dzięki rzutnikom multimedialnym – w dużym powiększeniu.

MATERIAŁY UZUPEŁNIAJĄCE »

******

Proteomics and metabolomics

The text is a compendium of modern research techniques that enable the identification, separation and sequencing of proteins. They serve in the analysis of protein structure and also in the study of the relationship between protein structure and their biological function, including within metabolic processes. The richly illustrated publication is supplemented with additional materials.

Keywords: protein structure, chromatography, electrophoresis, mass spectrometry, metabolom, proteomics.

Jerzy Silberring,
Anna Drabik,
„Omika” i biologia systemów
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.1-6

Agnieszka Kraj,
Analiza metabolomu – zróżnicowanej chemicznie matrycy
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.15-20

Jolanta Kotlińska, https://orcid.org/
Agnieszka Pachuta, https://orcid.org/
Marcin Bocheński,
Badania farmakologiczne
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.463-478

Wojciech Rożek, https://orcid.org/
Paweł Ciborowski, https://orcid.org/
Bioinformatyka – zarys ogólny
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.501-518

Ibeth Guevara-Lora, https://orcid.org/
Anna Gołda, https://orcid.org/
Andrzej Kozik, https://orcid.org/
Bloting białek
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.125-138

Beata Walczak, https://orcid.org/
Michał Daszykowski, https://orcid.org/
Chemometria w metabolomice i proteomice
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.519-534

Piotr Suder, https://orcid.org/
Chromatografia cieczowa połączona ze spektrometrią mas (LC-MS)
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.151-170

Hana Raoof, https://orcid.org/
Chromatografia gazowa w połączeniu ze spektrometrią mas
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.37-48

Adam Moszczyński, https://orcid.org/
Magdalena Niedziółka, https://orcid.org/
Desorpcja/jonizacja laserowa wspomagana matrycą (MALDI)
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.185-198

Magdalena Niedziółka, https://orcid.org/
Filip Sucharski, https://orcid.org/
Hana Raoof, https://orcid.org/
Adam Moszczyński, https://orcid.org/
Dodatki: bazy danych, tabele i definicje
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.22-33

Piotr Suder, https://orcid.org/
Electrospray i nanoelectrospray (ESI i nanoESI)
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.139-150

Anna Drabik,
Anna Bodzoń-Kułakowska, https://orcid.org/
Elektroforeza dwuwymiarowa 2-DE
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.61-84

Anna Drabik,
Piotr Laidler, https://orcid.org/
Elektroforeza jednowymiarowa (1-DE)
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.49-60

Bogusław Buszewski, https://orcid.org/
Ewa Kłodzińska, https://orcid.org/
Michał Szumski, https://orcid.org/
Marek Noga, https://orcid.org/
Jerzy Silberring,
Elektroforeza kapilarna
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.85-98

Adam Moszczyński, https://orcid.org/
Fragmentacja wspomagana chemicznie
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.259-270

Stanisław Wysocki, https://orcid.org/
FRET
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.535-549

Marek Noga, https://orcid.org/
Filip Sucharski, https://orcid.org/
Identyfikacja białek wspomagana fragmentacją
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.243-258

Adam Moszczyński, https://orcid.org/
Anna Drabik,
Anna Bodzoń-Kułakowska, https://orcid.org/
Hana Raoof, https://orcid.org/
Adam Mielczarek,
Laboratorium. Ćwiczenia praktyczne
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.1-21

Grzegorz Schroeder, https://orcid.org/
Piotr Młynarz, https://orcid.org/
Anna Czernicka, https://orcid.org/
Macierze białkowe i peptydowe
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.305-318

Agnieszka Kraj,
Metabolom człowieka
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.411-416

Filip Sucharski, https://orcid.org/
Metabolom drożdży
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.457-462

Maciej Stobiecki, https://orcid.org/
Piotr Kachlicki, https://orcid.org/
Metabolom roślinny
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.429-444

Elżbieta Kostyra, https://orcid.org/
Henryk Kostyra, https://orcid.org/
Metabolom żywności i żywienia
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.417-428

Ewa Kłodzińska, https://orcid.org/
Michał Szumski, https://orcid.org/
Bogusław Buszewski, https://orcid.org/
Nowe podejście w oznaczaniu i identyfikacji mikroorganizmów
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.445-456

Anna Drabik,
Ogniskowanie do punktu izoelektrycznego (IEF, ang. isoelectric focusing)
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.99-104

Anna Bodzoń-Kułakowska, https://orcid.org/
Proteomika funkcjonalna
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.281-304

Marek Noga, https://orcid.org/
Proteomika ilościowa
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.361-376

Anna Bodzoń-Kułakowska, https://orcid.org/
Proteomika kliniczna
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.377-400

Filip Sucharski, https://orcid.org/
Proteomika modyfikacji potranslacyjnych
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.401-410

Grzegorz Bujacz, https://orcid.org/
Anna Bujacz, https://orcid.org/
Proteomika strukturalna
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.333-360

Magdalena Niedziółka, https://orcid.org/
Przygotowanie materiału biologicznego do analizy
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.21-36

Filip Sucharski, https://orcid.org/
Adam Moszczyński,https://orcid.org/
Sekwencjonowanie de novo
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.271-280

Małgorzata Iwona Szynkowska, https://orcid.org/
Jerzy Silberring,
Skaningowa spektrometria mas
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.209-222

Małgorzata Barańska, https://orcid.org/
Anna Baran, https://orcid.org/
Spektroskopia Ramana
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.105-124

Filip Sucharski, https://orcid.org/
Techniki izolacji i fragmentacji jonów
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.233-242

Adam Moszczyński, https://orcid.org/
Warianty laserowej desorpcji/jonizacji
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.199-208

Marek Noga, https://orcid.org/
Anna Drabik,
Wielowymiarowe techniki separacji połączone ze spektrometrią mas
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.171-184

Anna Drabik,
Jerzy Silberring,
Wprowadzenie do proteomiki i strategii identyfikacji białek
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.7-14

Adam Lesner, https://orcid.org/
Magdalena Wysocka, https://orcid.org/
Anna Łęgowska, https://orcid.org/
Krzysztof Rolka, https://orcid.org/
Wstęp do chemii kombinatorycznej
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.479-500

Agnieszka Kraj,
Wysokorozdzielcza spektrometria mas w metabolomice
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.223-232

Przemysław Mielczarek , https://orcid.org/
Zastosowanie sieciowania chemicznego w celu badania interakcji między białkami
https://doi.org/10.31338/uw.9788323533399.pp.319-332